국민권익위원회 Anti-Corruption & Civil Rights Commission

민원표시  2BA-○○○○-○○○○○○

신 청 인   ㈜○○물류

피신청인  ○○세무서장

주     문  피신청인에게 신청인이 ㈜○○코리아로부터 수취한 수정세금계산서를 반영하여 2012년 1기분 부가가치세를 경정할 것을 시정권고한다.

신청취지  주문과 같다.

이     유  별지와 같다.

의 결 일  2016. 00. 00.

위원 권○○

위원 이○○

위원 전○○

(별지)

1. 신청 원인

신청인은 2012년 3월부터 2012년 6월까지 4회에 걸쳐 ㈜○○코리아로부터 463,589,640원의 수출용 압축파지를 매입하고 부가가치세가 제로인 영세율 세금계산서 4매를 수취하였으나, ㈜○○코리아가 ○○세무서의 부가가치세 현지 확인조사에서 내국신용장이나 구매확인서 등의 적격증빙이 없어 영세율 적용이 불가하다는 지적을 받고 신청인에게 당초 영세율에서 10% 세율로 수정한 수정세금계산서를 발급함에 따라 10%의 부가가치세 매입세액을 부담하였으므로 이에 대한 매입세액을 환급받기 위하여 부가가치세 경정청구를 하였으나 피신청인은 수정세금계산서 발급 사유에 해당되지 않는다며 거부하고 있는바, 수출상품에 대하여 착오 등으로 구비서류를 갖추지 못해 공급자가 부가가치세를 납부하였음에도 그에 대한 매입세액을 공제하지 않는 것은 부당하니 이를 시정하여 달라.

2. 피신청인의 주장

○○세무서장이 ㈜○○코리아의 수정세금계산서 발급이 적법한 지 여부에 대해 국세청에 과세기준 자문신청을 한 결과 사업자가 10% 세율이 적용되는 거래에 대하여 영세율 세금계산서를 발급한 경우 수정세금계산서를 발급할 수 없고, 2012. 2. 2. 개정된 「부가가치세법 시행령」 제59조 제1항에서 수정세금계산서 발급사유의 하나로 신설된 ‘세율을 잘못 적용하여 발급한 경우’는 부칙 규정에 의해 2012. 7. 1. 이후 최초로 수정세금계산서 발급사유가 발생한 분부터 적용하는 것이므로 이 건의 경우 그 이전에 발급사유가 생겼으므로 적용할 수 없다고 회신하였고, 또한 ㈜○○코리아가 발급한 수정세금계산서는 세무서의 현지확인 후에 발행된 것으로 2012. 2. 2. 개정된 「부가가치세법 시행령」 제59조 제1항 제5호에서 수정세금계산서 발급 제한 사유로 들고 있는 ‘세무조사의 통지를 받은 경우 등으로서 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우’에 해당하므로 신청인에 대한 경정청구 거부는 정당하다.

3. 사실 관계

가. 신청인은 2012년 3월부터 6월 사이에 ㈜○○코리아로부터 4회, 463,589,640원의 압축파지를 수출용으로 매입(이하 ‘이 사건 거래’라 한다)하면서 영세율 세금계산서를 수취하였고, 신청인과 ㈜○○코리아는 각 관할 세무서에 이를 반영하여 해당 과세기간에 대한 부가가치세 신고를 하였다.

나. ㈜○○코리아의 부가가치세 신고에 대하여 관할 ○○세무서에서 2012. 7. 18.부터 2012. 7. 20.까지 현지 확인조사를 실시하였고, 그 결과 이 사건 거래는 영세율거래의 적격요건인 내국신용장 혹은 구매확인서가 없어 10%의 부가가치세를 납부해야 하는 과세거래에 해당됨을 발견하였다.

다. ㈜○○코리아는 위 현지 확인조사 과정에서 영세율 적용이 안 됨을 지적받고 2012. 8. 18. 신청인에게 기재사항 착오 정정으로 당초 영세율에서 10% 세율의 부가가치세액을 기재한 수정세금계산서를 교부한 후 2012. 8. 21. 이를 반영하여 인천세무서에 부가가치세 수정신고 및 세금을 추가로 자진납부 하였으며, ○○세무서장은 2012. 8. 30. ㈜○○코리아의 수정신고 내용을 인정하여 해당 과세기간에 대한 부가가치세를 경정하였다.

라. 신청인은 공급자인 ㈜○○코리아가 당초 영세율에서 과세로 수정 발급한 세금계산서에 의해 부가가치세 매입세액 46,358,960원이 거래징수 되었으므로 동 매입세액을 환급해 달라며 2013. 10. 16. 및 2015. 6. 30. 두 차례 피신청인에게 경정청구를 하였다. 그러나 피신청인은 이 사건 거래와 관련해 ○○세무서장의 과세기준자문신청에 대한 국세청의 회신결과 등을 근거로 이 사건 거래는 수정세금계산서 발급사유에 해당되지 않는다며 신청인의 경정청구를 거부하였다.

마. ○○세무서장의 2012. 8. 30.자 과세기준 자문신청에 대한 국세청장의 회신문(법규과-1043호, 2012. 9. 11.)에 의하면, 자문 및 회신내용의 요지는 다음과 같다.

- 다 음 -

1) 세무서 자문내용

㈜○○코리아는 세무서의 현지확인 과정에서 적출된 과세거래에 대하여 결정통지서를 받기 전인 2012. 8. 18. 기재사항 착오정정으로 영세율 수정세금계산서를 발행하였는바, 동 수정세금계산서가 2012. 2. 2. 개정 「부가가치세법 시행령」 제59조 제1항에서 수정세금계산서 발급사유의 하나로 신설된 ‘세율을 잘못 적용하여 발급한 경우’에 해당하여 적법한 지 여부

2) 국세청 회신내용

사업자가 10% 세율이 적용되는 거래에 대하여 영세율 세금계산서를 발급한 경우 수정세금계산서를 발급할 수 없는 것이고, 2012. 2. 2. 개정 「부가가치세법 시행령」 제59조에서 수정세금계산서 발급사유의 하나로 신설된 ‘세율을 잘못 적용하여 발급한 경우’는 부칙 규정에 의해 2012. 7. 1. 이후 최초로 수정세금계산서 발급사유가 발생한 분부터 적용하는 것이므로 2012. 7. 1. 전에 수정세금계산서 발급사유가 발생한 경우에는 적용할 수 없는 것이다.

바. 신청인의 진술에 의하면, 이 사건 거래의 과세기간이 거의 다 되어 신용장이 개설된 농협은행을 방문하여 구매확인서 발급 신청을 하였으나 2011년 7월부터 수출용 상품에 대한 구매확인서는 전자식 발급으로 제도가 바뀌어 은행에서 발급을 하지 않는다고 하여 한국전자인증㈜를 통하여 전자발급을 시도하는 과정에서 전산 미숙으로 발급받지 못한 채 제출기한을 넘기는 바람에 영세율거래 증빙서류를 갖추지 못하였다고 한다.

사. 신청인이 제출한 수출신고수리내역서(관세사 날인), 수출신고필증(인천세관 날인), 수출실적증명서(2013. 3. 5. 한국관세무역개발원장 발급) 등에 의하면, 신청인은 2012년 3월부터 6월 30일까지 4회에 걸쳐 매회 약 500톤(수출금액 약 1억 원) 규모의 폐지(WASTE PAPER KOCC)를 대만의 CHENG LOONG CPRP에 수출한 것으로 확인된다.

4. 판단

가. 관계 법령 등

1) 구「부가가치세법」(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것) 제11조(영세율 적용) 제1항은 “다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 영(零)의 세율을 적용한다. 1. 수출하는 재화 2. 국외에서 제공하는 용역 3. 선박 또는 항공기의 외국항행 용역 4. 제1호부터 제3호까지의 재화 또는 용역 외에 외화를 획득하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것”이라고 규정하고 있고, 같은 법 제16조(세금계산서) 제1항은 “납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 ‘세금계산서’라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다. 1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭 2. 공급받는 자의 등록번호 3. 공급가액과 부가가치세액 4. 작성 연월일 5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항”이라고 규정하고 있다.

2) 구「부가가치세법 시행령」(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것) 제24조(수출의 범위) 제2항은 “법 제11조제1항제1호에 규정된 수출하는 재화에는 다음 각 호의 재화가 포함되는 것으로 한다. 1. 사업자가 기획재정부령이 정하는 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 공급하는 재화(금지금은 제외한다)”라고 규정하고 있다.

3) 구「부가가치세법 시행령」(2012. 2. 12. 대통령령 제23595호로 개정되기 전의 것) 제59조(수정세금계산서 발급사유 및 발급절차) 제1항은 “법 제16조제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다. 1.∼3.(생략) 4. 재화 또는 용역을 공급한 후 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 내국신용장이 개설되었거나 구매확인서가 발급된 경우 : 내국신용장 등이 개설된 때에 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 적고 비고란에 내국신용장 개설일 등을 부기하여 영세율 적용 분은 검은색 글씨로 세금계산서를 작성하여 발급하고, 추가하여 당초에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 또는 부(負)의 표시를 하여 작성하고 발급한다. 5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우 : 세무서장이 경정하여 통지하기 전까지 세금계산서를 작성하되, 당초에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 작성하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급한다. 6. (생략)”라고 규정하고 있다.

4) 구「부가가치세법 시행령」(2012. 2. 12. 대통령령 제23595호로 개정된 것) 제59조(수정세금계산서 발급사유 및 발급절차) 제1항은 “법 제16조제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다. 1.∼4.(생략) 5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우: 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다. 가. 세무조사의 통지를 받은 경우 나. 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우 다. 세무서장으로부터 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우 라. 그 밖에 가목부터 다목까지에 따른 사항과 유사한 경우로서 경정이 있을 것을 미리 안 것으로 인정되는 경우 6. 필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우: 재화 및 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 세금계산서를 작성하되, 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급한다. 다만, 제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다. 7. 착오로 전자세금계산서를 이중으로 발급한 경우: 당초에 발급한 세금계산서의 내용대로 부(負)의 표시를 하여 발급한다. 8. 면세 등 발급대상이 아닌 거래 등에 대하여 발급한 경우: 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급한다. 9. 세율을 잘못 적용하여 발급한 경우: 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급한다.”라고 규정하고 있고, 부칙 제1조(시행일)는 “이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제57조제1항제7호 및 제79조의2제1항제6호의7의 개정규정은 2012년 4월 1일부터 시행하고, 제19조제3항ㆍ제4항, 제26조제1항제1호, 제29조제7호ㆍ제7호의2, 제38조, 제53조제4항 각 호 외의 부분 후단, 제53조의2제6항, 제57조제1항제1호의2, 제58조제15항, 제59조제1항, 제67조의2, 제74조제2항, 제79조의2제1항제4호, 제85조 및 제85조의2의 개정규정은 2012년 7월 1일부터 시행한다.”라고, 부칙 제7조(수정세금계산서 발급사유 및 발급절차에 관한 적용례)는 “제59조제1항의 개정규정은 2012년 7월 1일 이후 최초로 수정세금계산서 발급사유가 생기는 분부터 적용한다.”라고 각 규정하고 있다.

5) 법원은 영세율 적용대상 여부에 착오가 있는 경우에도 필요적 기재사항인 공급가액과 부가가치세액에 관하여 착오가 있는 경우에 해당한다고 보아야 할 것이고, 세무서장이 경정하기 전까지는 비록 공급시기가 다르더라도 수정세금계산서를 발행할 수 있다는 취지로 판시하였다(대법원 2013. 10. 17. 선고 2010두12972 판결 참조).

나. 판단 내용

1) 먼저, 이 사건 수정세금계산서 발급의 적법 여부를 판단함에 있어 적용할 법조에 대하여 살펴본다. 2012. 2. 2. 개정된 구「부가가치세법 시행령」제59조 제1항의 규정내용을 보면 세금계산서의 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우 개정 전 ‘세무서장이 경정하여 통지하기 전까지’ 수정세금계산서 발급이 가능하던 것을 세무조사의 통지 등에 의해 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외하도록 함으로써 수정세금계산서 발급 사유를 강화하고, 세율을 잘못 적용하여 발급한 경우 수정세금계산서를 발급할 수 있도록 추가로 명시하였다. 한편, 부칙에서 개정법령은 공포일부터 시행하되 위 제59조 개정규정은 2012. 7. 1. 이후 최초로 수정세금계산서 발급사유가 생기는 분부터 적용한다고 규정하였다. 그렇다면 이 사건 거래의 경우 관련 법령에 따르면 수출용 상품의 내국거래인 경우 부가가치세 영세율 적용을 받기 위해서는 거래 당시 내국신용장이나 구매확인서에 의해 거래되어야 하는데 신청인과 ㈜○○코리아는 2012년 1기 과세기간에 이 사건 거래를 함에 있어 영세율 세금계산서를 먼저 발급한 후 과세기간 종료일로부터 20일 이내에 구매확인서를 발급받으면 문제가 없는 것으로 착오하여 영세율 세금계산서를 교부한 것이라 할 것이고, 이는 애초 영세율 세금계산서 발급 당시에 수정세금계산서 발급사유가 생겼다고 할 것이므로 부칙규정에 의해 2012. 2. 2. 개정되기 전 구「부가가치세법 시행령」제59조 제1항의 규정이 적용된다고 할 것이다.

2) 다음으로 이 사건 수정세금계산서 발급의 적법 여부에 관해 살펴본다. 피신청인은 국세청의 과세기준 자문결과 등을 근거로 10% 세율의 과세거래를 영세율로 세금계산서를 잘못 발급한 경우에는 수정세금계산서를 발급할 수 없고, 이 사건 수정세금계산서는 세무서의 부가가치세 현지확인 후에 발행된 것으로 발급사유에 해당되지 않으므로 부적법하다는 취지로 주장하나, 법령에 대한 유권해석기관인 사법부(법원)의 판례에 의하면 영세율 적용대상 여부에 착오가 있는 경우에도 필요적 기재사항인 공급가액과 부가가치세액에 관하여 착오가 있는 경우에 해당한다고 보아야 할 것이고, 세무서장이 경정하기 전까지는 비록 공급시기가 다르더라도 수정세금계산서를 발행할 수 있다고 판시하고 있으며(그럼에도 불구하고 영세율 세금계산서의 경우는 수정세금계산서 발급대상이 아닌 것으로 법을 집행하는 사례가 있어 이러한 혼란이 없도록 하기 위하여 2012. 2. 2. 개정된 「부가가치세법 시행령」 에서 영세율 세금계산서도 수정세금계산서 발급 대상임을 별도로 구분하여 명시한 것으로 보인다), 이 사건 수정세금계산서 발급과 관련하여 적용되는 2012. 2. 2. 개정 전 「부가가치세법 시행령」 규정에 의하면 세무서의 경정이 있기 전까지 수정세금계산서를 발급할 수 있는데 앞서 본 사실관계에 의하면 이 사건 수정세금계산서는 세무서의 현지조사에 의해 경정되기 전에 발급된 사실이 인정되므로 적법하다 할 것이고, 이에 반하는 피신청인의 주장은 이유 없다(관련 피신청인의 주장은 이 사건 수정세금계산서에 적용되지 않는 2012. 2. 2. 개정 「부가가치세법 시행령」 제59조 제1항에 근거한 것으로서 해당 조문의 적용시기에 관한 오해에서 비롯된 것으로 보인다).

5. 결론

그러므로 수정세금계산서를 반영하여 2012년 1기 부가가치세를 경정해 달라는 신청인의 주장은 상당한 이유가 있으므로 ｢부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률｣ 제46조 제1항에 따라 피신청인에게 시정을 권고하기로 하여 주문과 같이 의결한다.