의     결

국 민 권 익 위 원 회

제 1 소 위 원 회

의    결

의안번호  제2025-1소위34-복01호

민원표시  2BA-2509-0407592  과오납 건강보험료 등 환급 요구

신 청 인  A

피신청인  국민건강보험공단

의 결 일  2025. 11. 24.

주    문

피신청인에게, 신청인이 과오납한 0000년, 0000년 건강보험료 등을 환급할 것을 의견표명한다.

이    유

1. 신청원인

가. 신청인은 0000년 B세무서의 세무조사에 따라 0000년, 0000년 종합소득세를 부과받았는데, 피신청인이 동 세무조사 소득금액에 근거하여 직권으로 신청인에게 0000년, 0000년 건강보험료 등 정산분을 부과하여 신청인은 이를 납부하였다.

나. 피신청인은 신청인이 B세무서장을 상대로 위 종합소득세 부과 처분에 대한 취소 소송을 제기하여 0000. 00. 승소의 대법원 확정판결을 받은 후 피신청인에게 과오납 건강보험료 등 정산분을 환급해 달라고 요청하였으나 소멸시효가 완성되었다며 환급해주지 않는데 이를 환급해 달라.

2. 피신청인의 주장

가. ｢국민건강보험법｣ 제91조(시효)는 보험료 징수권과 환급권에 대하여 3년의 소멸시효를 규정하고 있어 0000년 정산 보험료는 0000. 00. 00.까지 0000년 정산 보험료는 0000. 00. 00.까지 부과하거나 환급받을 수 있다. 따라서 신청인의 0000년, 0000년 과오납 건강보험료 등에 대한 환급권 소멸시효는 완성되었다.

나. 신청인이 B세무서장을 상대로 제기한 소득세 부과 처분 취소 소송에서 승소했지만 피신청인을 상대로 직접 보험료 반환 소송을 제기하지 않았기 때문에 신청인의 과오납 건강보험료 등에 대한 환급권 소멸시효가 중단되었다고 할 수 없으며 과오납 보험료는 환급할 수 없다.

3. 사실관계

가. 신청인은 ○○ ○○시 ○○면에 소재한 ‘C’의 대표로서 D업을 운영하는 사업주이다.

나. 신청인 사업장은 0000년 하반기에 실시한 B세무서의 세무조사에 따라 0000. 00. 00. B세무서로부터 0000년 종합소득세 000,000,000원(사업 소득금액 000,000,000원 기준), 0000년 종합소득세 000,000,000원(사업 소득금액 000,000,000원 기준) 등을 부과받았다.

다. 피신청인은 위 세무조사 결과에 따른 종합소득세 사업 소득금액을 국세청에서 연계받아 0000. 00. 00. 신청인에게 0000년 건강보험료 등 정산분 00,000,000원, 0000년 건강보험료 등 정산분 00,000,000원을 부과하였고, 신청인은 0000. 00. 00. 부과된 보험료 전액(00,000,000원)을 피신청인에게 납부하였다.

라. 신청인은 0000. 00. 00. B세무서장을 상대로 E지방법원에 위 종합소득세 부과 처분에 대한 취소 소송을 제기하였으나 0000. 00. 00. 패소하여 0000. 00. 00. F고등법원에 항소하였고 0000. 00. 00. 일부 승소하였다. 그러나 B세무서가 이에 불복하여 0000. 00. 00. 대법원에 상고하였고 0000. 00. 00. 대법원의 심리불속행 기각으로 B세무서가 0000. 00. 00. 신청인에게 부과한 종합소득세 중 0000년 종합소득세 000,000,000원, 0000년 종합소득세 00,000,000원이 각각 취소되었다. 이에 따라 B세무서는 0000. 00. 00. 신청인에게 소송 결과에 따른 국세환급을 통지하였다.

마. 위 0000. 00. 00. 대법원 판결에 따라 경정된 신청인 사업장의 연도별 종합소득세 사업 소득금액 내역은 다음과 같다. <표 생략>

바. 위와 같은 신청인 사업장의 0000년, 0000년 종합소득세 사업 소득금액 경정으로 신청인이 환급받아야 할 0000년, 0000년 과오납 건강보험료 등은 총 00,000,000원이며 내역은 다음과 같다. <표 생략>

사. 신청인은 0000. 00. 00. 피신청인에게 과오납 건강보험료 등을 환급신청하였으나 소멸시효 완성으로 환급이 불가하다는 답변을 받고 0000. 00. 00. 피신청인 소속 건강보험이의신청위원회에 이의신청을 접수하였고 동 민원은 아직 검토 중인 상태이다.

4. 판단

가. 관계 법령 등

<별지>와 같다. <생략>

나. 판단 내용

① 이 민원 과오납 건강보험료 등의 원인이 된 소득세 부과 처분이 0000. 00. 00. 대법원 판결로 취소되어 B세무서는 0000. 00. 00. 신청인에게 국세환급을 통보한 점, ② 신청인은 피신청인의 보험료 부과 처분을 신뢰하여 성실히 보험료를 납부했을 뿐 이 민원 과오납 보험료 발생에 귀책사유가 없는 점, ③ 신청인이 피신청인의 보험료 부과 처분에 대해 과오납 보험료 환급 청구 소송을 제기하지는 않았지만 종합소득세 소득금액에 연계되어 부과된 보험료에 대하여 별도의 과오납 보험료 환급 청구 소송을 제기하는 것까지 신청인에게 기대하기는 어려운 점, ④ 신청인이 B세무서장을 상대로 소송을 제기하여 대법원까지 3년에 걸쳐 잘못된 과세 처분을 바로 잡았음에도 불구하고 또다시 피신청인을 상대로 보험료 환급 소송을 제기하도록 하는 것은 신청인에게 지나치게 가혹한 점, ⑤ 설령 시효의 경과로 이 민원 보험료에 대한 환급권이 소멸되었다고 하더라도 잘못 부과된 보험료에 오류가 없을 것이라고 믿고 납부한 신청인의 신뢰보호를 위해 피신청인이 직권으로 보험료 환급하는 것이 타당한 점, ⑥ 피신청인은 건강보험 재정의 투명하고 효율적인 운영을 통해 공익을 증진하고 국민편익을 향상시키는 공공기관으로서의 책무를 부담하는 점 등을 종합하여 볼 때, 피신청인은 이 민원 과오납 건강보험료 등을 신청인에게 환급하는 것이 바람직하다고 판단된다.

5. 결론

그러므로 이 민원 과오납 건강보험료 등을 환급해 달라는 신청인의 주장은 상당한 이유가 있다고 인정되므로 「부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률」제46조 제2항에 따라 피신청인에게 의견을 표명하기로 하여 주문과 같이 의결한다.