의     결

국 민 권 익 위 원 회

제 2 소 위 원 회

의    결

의안번호  제2025-2소위17-재01호

민원표시  2BA-2504-0869874  양도소득세 경정 등

신 청 인  A

피신청인  B세무서장

의 결 일  2025. 6. 23.

주     문

1. 피신청인이 0000. 00. 0. 신청인에게 한 0000년 귀속 양도소득세 000,000,000원의 부과처분에 대하여 경기 남양주시 000-0 답 609㎡를 같은 동 000-0 소재 건물의 부수토지로 보아 양도소득세 과세표준과 세액을 경정할 것을 시정권고한다.

2. 주문 1 기재 양도소득세에 대하여 같은 동 000-0 도로 85㎡도 같은 동 000-0 소재 건물의 부수토지로 보아 양도소득세를 경정해 달라는 신청은 기각한다.

이     유

1. 신청원인

가. 신청인은 0000. 0. 00. 경기 남양주시 000-0 대 331㎡(이하 ‘민원 토지 1’이라 한다) 및 지상 건물 264.82㎡(1층 99.41㎡, 2층 99.41㎡, 부속건물 66㎡, 전체 264.82㎡, 이하 ‘이 민원 건물’이라 한다)와 같은 동 464-5 도로 85㎡(이하 ‘민원 토지 2’라 한다), 동 464-6 답 609㎡(이하 ‘민원 토지 3’이라 하며, 민원 토지 1·2·3 및 이 민원 건물을 통칭하는 경우 ‘이 민원 부동산’이라 한다)를 C에게 00억 원에 양도(이하 ‘이 민원 양도’라 한다)하였으나 양도소득세를 무신고하였다.

신청인에 따르면 신청인이 이 민원 부동산을 양도하고 공인중개사의 소개로 D세무사를 소개받아 양도소득세 신고·납부대행 의뢰하였으나, D세무사가 이를 이행하지 않았다고 함.
참고로 D세무사는 2021년부터 서울·경기 등에서 다수의 고령의 납세자들을 상대로 양도소득세 신고 및 대리납부를 명분으로 횡령·사기 등 범죄를 저질러 구속 수감됨.

나. 피신청인은 0000. 00. 0. 이 민원 부동산에 대한 양도소득세를 고지하면서 이 민원 건물을 공부상 용도인 ‘근린생활시설’로 보아 신청인에게 0000년 귀속 양도소득세 000,000,000원을 고지(이하 ‘이 민원 부과처분’이라 한다)하였다.

다. 신청인은 이 민원 부과처분에 불복하여 0000. 0. 00. 피신청인에게 이의신청(이하 ‘이 민원 이의신청’이라 한다)을 제기하였고 피신청인은 심리과정에서 신청인이 이 민원 건물의 2층을 주택으로 사용한 사실을 확인하고 이 민원 부과처분 중 000,000,000원을 감액경정 하였으나, 이 민원 건물의 부속건물도 주택으로 사용하였으므로 이 민원 건물 전체를 주택으로 보아 1세대 1주택 고가주택 비과세를 적용해 달라는 신청인의 주장은 국세심사위원회를 개최하여 기각하였다.

라. 이에 신청인은 0000. 0. 00. 국세심사청구를 제기(이하 ‘이 민원 심사청구’라 한다)하였고, 국세청장은 국세심사위원회를 개최하여 신청인이 양도일 현재 이 민원 건물의 부속건물도 주택으로 사용하였으므로 이 민원 건물 전체를 주택으로 보아 신청인에 대한 양도소득세를 경정하라고 결정하였고, 피신청인은 이 민원 부과처분 중 000,000,000원을 감액경정하였다.

이 민원 부과처분 중 이의신청, 국세심사청구를 통한 감액경정 결과 남아있는 세액은 000,000,000원으로 확인됨.

마. 그런데, 이 민원 건물은 공부상 민원 토지 1 지상에 소재하기는 하나, 민원 토지 2·3도 이 민원 건물의 부수토지로서 신청인이 매도인으로부터 일괄 취득하여 일괄 매도하였고 한 울타리 내에 있으며 이 민원 건물의 마당 및 주차장으로 사용하였는데 피신청인은 민원 토지 1만을 이 민원 건물의 부수토지로 보아 이 민원 부과처분을 하였으므로 위법·부당하다.

바. 신청인은 0000. 0.초 이 민원 심사청구에 대한 결정통지를 수령하였고 0000. 00. 00. 위 마.항의 쟁점에 대하여 피신청인에게 이 민원 부과처분을 재경정해 달라는 취지의 경정청구(이하 ‘이 민원 경정청구’라 한다)를 접수하였는데, 피신청인은 0000 0. 0. 경정청구 접수기간이 지났다는 사유로 ‘각하’통지하였다.

사. 그런데 세법에 무지한 신청인이 이 민원 심사청구 결정 이후 뒤늦게 파악한 위 마.항의 쟁점에 대해 피신청인 담당자에게 재경정을 요구하였을 때 피신청인 담당자는 경정청구를 접수하라고 안내하였고, 신청인은 이 안내에 따라 이 민원 경정청구를 접수하였음에도 피신청인이 이를 검토조차 하지 않고 ‘각하’한 것은 너무 억울하다.

아. 주위적으로 피신청인은 민원 토지 2·3도 이 민원 건물의 부수토지로 보아 이 민원 부과처분을 재경정해줄 것을 요청하며, 예비적으로 이 민원 경정청구에 대한 각하 통지를 취소하여 신청인에 대한 기한이익 상실을 회복해 달라.

2. 피신청인의 주장

가. 신청인은 이 민원 부동산을 일괄 취득하고 양도하였으므로 민원 토지 2·3을 이 민원 건물의 부수토지로 보아야 한다고 주장하나, 공부상 민원 토지 2는 ‘도로’이며, 민원 토지 3은 ‘답’으로 이 민원 건물과 경제적 일체를 이룬다고 보기 어렵고, 민원 토지 2·3이 이 민원 건물의 부수토지라는 신청인의 주장에 대한 입증책임은 신청인에게 있는데 신청인이 제출한 자료만으로는 이를 인정하기 어렵다.

나. 또한 피신청인이 0000. 0. 0. 및 0000. 00. 0. 이 민원 건물 1층에 소재한 식당에 방문하였을 때 민원 토지 3에 주차하도록 안내받은 사실이 있는데, 이 민원 건물과 민원 토지 3이 연접하기는 하나 한 울타리 내에 위치하지 않는 것으로 판단되어 신청인이 민원 토지 3을 주택의 부수토지로 사용하였다고 보기 어렵다.

다. 한편, 신청인은 이 민원 이의신청 및 이 민원 심사청구에서 다루지 않았던 새로운 쟁점에 대하여 이 민원 심사청구에 대한 결정통지일 이후 3개월이 경과하여 이 민원 경정청구를 접수하였는데, 경정청구 접수기간을 경과하여 접수하였으므로 피신청인의‘각하’통지는 정당하다.

3. 사실관계

가. 이 민원 부동산의 등기부등본 상 [표제부] 발췌 내역은 【표 1】부터 【표 4】와 같다.

【표 1】민원 토지 1

(표 생략)

【표 2】이 민원 건물

(표 생략)

【표 3】민원 토지 2

(표 생략)

【표 4】민원 토지 3

(표 생략)

나. 등기부등본에 따르면 신청인은 0000. 0. 00. E으로부터 이 민원 부동산을 취득하여 0000. 0. 00. F에게 00억 원에 양도하였으며, 신청인이 제출한 양도계약서 내용은 【표 5】와 같다.

【표 5】양도 계약서 일부 발췌

(표 생략)

다. 양도일 현재 민원 토지 1·2·3에 대한 지적도는 【표 6】과 같다.

【표 6】

(그림 생략)

라. 피신청인은 신청인이 이 민원 부동산을 양도하고 양도소득세를 무신고하자 이 민원 부동산의 공부상 기재된 용도에 따라 양도소득세를 산정하여 신청인에게 이 민원 부과처분을 하였고, 신청인은 이 민원 건물의 1층은 상가로 임대하였지만, 2층과 부속건물은 주택 용도로 사용한 1세대 1주택에 해당하므로 이 민원 건물 전체를 주택으로 보아 이 민원 부과처분을 경정해 달라는 취지의 불복청구를 제기하여 이 민원 건물 중 2층과 부속건물을 주택으로 사용한 사실을 인정받았는데 그 불복청구에 따른 이 민원 부과처분 경정내역은 【표 7】 및 【표 8】과 같다.

【표 7】이 민원 건물

(단위: ㎡)

(표 생략)

【표 8】민원 토지 1·2·3

(단위: ㎡)

(표 생략)

마. 피신청인은 0000. 0. 00. 이 민원 심사청구 결정에 따라 이 민원 건물에 대하여 주택으로 사용한 면적의 연면적이 주택외 부분의 연면적보다 크므로, 이 민원 건물 전체를 1세대 1주택 고가주택 비과세를 적용하면서 민원 토지 1을 주택의 부수토지로 보아 이 민원 부과처분을 감액경정하였다.

바. 이후 신청인은 민원 토지 2·3이 비록 필지는 구분되어 있고 공부상 지목이 각 ‘도로’ 및 ‘답’이기는 하나, 이 민원 건물과 한울타리 내에 있어 건물의 마당 및 주차장 용도로 사용하였으므로 민원 토지 2·3에 대해서도 이 민원 건물의 용도인 주택의 부수토지로 인정해 달라고 주장한다.

사. 또한 이 민원 건물의 1층 상가는 별도의 주차장 부지를 이용하였다고 주장하며 신청인이 임차인으로부터 주차장 사용료를 징수하여 대리납부한 내역(계좌출금자료)을 제출하였다.

신청인은 0000. 0. 00. 본인의 국민은행 계좌(575701-01-******)에서 0,000,000원을 장ㅇㅇ 계좌로 출금한 명세서를 제출하였으나 관련 주차장 부지 임대차계약서 등은 제출하지 않음.

아. 2021년 당시 이 민원 부동산 위성지도 사진은 【표 9】와 같다.

카카오맵 위성사진 열람 가능 시점인 0000년부터 양도 시점인 0000년까지 민원 토지 2·3의 지형이나 구조 등에 변동 없음.

【표 9】

(그림 생략)

자. 이 민원 부동산은 자연녹지지역으로 개발제한구역 내 소재하고 있으며, 같은 동 464-1 답 1,025㎡의 전 소유자였던 E는 0000. 0. 00. 이 민원 건물을 민원 토지 1의 지상에 일반음식점으로 신축하면서 원래 한 필지였던 같은 동 464-1 답 1025㎡를 민원 토지 1(대 331㎡,)·2(도로 85㎡)·3(답 609㎡)으로 각 분할하면서 지목을 변경하였는데, 1998. 4. 14. ㅇㅇ시청에서 승인한 토지분할 내역은 【표 10】과 같다.

「개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법 시행령」[별표2]에 따르면 개발제한구역 내 주택 또는 근린생활시설 건축을 위하여 토지를 형질을 변경하는 경우에는 330제곱미터 이하의 면적으로 대지면적을 조성할 수 있다고 규정되어 있어 331㎡만 대지로 지목을 변경함.

「건축법」제44조의 규정에 따라 건축물의 대지는 2미터 이상이 도로에 접하여야 하므로 기존 도로폭이 협소하여 같은 동 464-1에서 도로로 민원 토지 2를 분할하여 도로로 지목을 변경함.

【표 10】

(그림 생략)

차. 신청인으로부터 이 민원 부동산을 취득한 F는 0000. 0. 00. 이 민원 건물을 리모델링하였고, 민원 토지 3의 609㎡ 중 300㎡를 같은 동 464-8로 분할하고 주차장으로 지목을 변경하였다.

「개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법 시행령」[별표 1]에서는 개발제한구역 내 휴게음식점·제과점 또는 일반음식점의 소유자는 300제곱미터 이하의 주차장을 설치할 수 있다고 규정하고 있음.

카. 한편, 피신청인은 이 민원 심사청구 결정에 따른 결정서를 0000. 0. 00. 신청인의 세무대리인(D세무사)에게 배달증명우편으로 발송하였고, 세무대리인의 직원이 0000. 0. 00. 수령하였으며, 피신청인은 이 민원 심사청구 결정에 따라 0000. 0. 00. 이 민원 부과처분에 대해 감액경정하였고, 신청인이 0000. 00. 00. 이 민원 경정청구를 피신청인에게 제출하자 피신청인은 0000. 0. 0. 경정청구 기간이 지났다는 이유로 ‘각하’통지하였다.

4. 판단

가. 관계법령 등

<별지>와 같다.

나. 판단내용

1) 살피건대, 대법원에서는 ‘주택에 부수되는 토지’란 당해 주택과 경제적 일체를 이루고 있는 토지로서 사회통념상 주거생활공간으로 인정되는 토지를 뜻하고 주거용 건물과 한 울타리 안에 있는 토지는 특별한 용도 구분이 있는 등의 다른 사정이 없는 한 주택의 부수토지라고 보아야 할 것(대법원 1992. 8. 18. 선고 91누10367 판결)이라고 판시하고 있는데, ① 이 민원 심사청구 결정에 따라 이 민원 건물 중 주택으로 사용한 면적이 165.41㎡로 주택외 부분의 연면적 99.41㎡보다 크므로 「소득세법 시행령」제15조 제3항에 따라 이 민원 건물 전체를 주택으로 볼 수 있는 점, ② 신청인이 이 민원 건물 및 민원 토지 1·2·3을 일괄로 취득하고 일괄로 양도한 점, ③ 이 민원 건물이 민원 토지 1 지상에 위치하고 있기는 하나, 민원 토지 1과 민원 토지 3은 연접하고 별도의 경계나 구분이 없는 점, ④ 민원 토지 3은 위성사진, 지적도, 토지분할 이력 등에 근거하여 이 민원 건물의 생활공간인 출입로, 마당 또는 주차장 부지로 사용하였다고 보는 것이 사회통념에 부합되는 점, ⑤ 다만, 민원 토지 2의 경우 이 민원 건물 신축과정에서 「건축법」에 따라 같은 동 464-1 답 1,025㎡에서 분할되어 ‘도로’로 지목이 변경된 사실은 인정되나, 민원 토지 2를 이 민원 건물의 이용자만 사용하였다고 인정하기는 어려운 점 등을 종합하면 민원 토지 3을 이 민원 건물의 부수토지로 보아 이 민원 부과처분을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

2) 참고로, 「국세기본법」제45조의2 제2항 제1호에 따르면 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 것을 안 날로부터 3개월 이내에 당초 처분의 경정을 청구할 수 있는데, ⑥ 신청인의 세무대리인이 이 민원 심사청구 결정을 0000. 0. 00. 배달증명우편으로 수취하였으며, 수취일로부터 3개월이 경과된 이후인 0000. 00. 00. 이 민원 경정청구를 피신청인에게 접수한 사실이 확인되는 점, ⑦ 피신청인 담당자의 이 민원 경정청구 접수 안내만으로 과세관청이 신청인의 주장을 수용하겠다는 공적인 견해표명을 하였다고 보기 어려운 점 등을 종합적으로 고려하면 피신청인이 이 민원 경정청구를 각하한 것이 위법·부당하다고 보기 어렵다.

5. 결론

그러므로 이 민원 부과처분을 경정해 달라는 신청인의 주장은 일부 이유 있으므로 ｢부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률｣ 제46조 제1항에 따라 피신청인에게 일부 시정을 권고하기로 하고 나머지 신청은 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 의결한다.

<별지> 관계법령 등

1. ｢국세기본법｣

제45조의2(경정 등의 청구) ② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한  것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. ｢소득세법｣

제89조(비과세 양도소득)  ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

3. 「소득세법 시행령」

제155조(1세대1주택의 범위) ①법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일(주택의 매매계약을 체결한 후 해당 계약에 따라 주택을 주택 외의 용도로 용도변경하여 양도하는 경우에는 해당 주택의 매매계약일을 말한다. 이하 이 항에서 같다) 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다.(단서 생략)

③ 법 제89조제1항제3호를 적용할 때 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 아니한다.

⑦ 법 제89조제1항제3호 각 목 외의 부분에서 “지역별로 대통령령으로 정하는 배율”이란 다음의 배율을 말한다.

1. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조제1호에 따른 도시지역 내의 토지: 다음 각 목에 따른 배율

나. 수도권 내의 토지 중 녹지지역 내의 토지: 5배

4. 「건축법」

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

11. “도로”란 보행과 자동차 통행이 가능한 너비 4미터 이상의 도로(지형적으로 자동차 통행이 불가능한 경우와 막다른 도로의 경우에는 대통령령으로 정하는 구조와 너비의 도로)로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 도로나 그 예정도로를 말한다.

제44조(대지와 도로의 관계) ① 건축물의 대지는 2미터 이상이 도로(자동차만의 통행에 사용되는 도로는 제외한다)에 접하여야 한다.(단서 생략)