의     결

국 민 권 익 위 원 회

제 2 소 위 원 회

의    결

의안번호   제2024-2소위16-긴01호

민원표시   2AA-2403-0453530 국고보조금 부가가치세 환수 이의

신 청 인   A

피신청인   충청남도 아산시장

의 결 일   2024. 5. 27.

주     문

1. 피신청인에게, 향후 보조금 사업을 시행하는 경우 부가가치세 환급금 발생시 조치하여야 할 사항 등을 보조사업자 등에게 구체적으로 안내하고, 보조사업 정산 검토시 부가가치세 환급액 조치의 적정성 등을 검토할 수 있도록 내부 절차를 구체적으로 개선할 것을 의견표명한다.

2. 신청인의 나머지 신청은 심의안내한다.

이     유

1. 신청취지

신청인은 충남 아산시 소재 협동조합으로 피신청인이 시행한 아산 신활력 플러스 사업에 따라 보조금을 지원받아 지역공동체지원농업 시설 지원(CSA, Community Supported Agriculture) 및 농가레스토랑 설립사업(이하 ‘이 민원 사업’이라 한다)을 추진하는 과정에서 발생한 13,283,290원의 부가가치세 환급금(이하 ‘이 민원 환급금’이라 한다)을 이 민원 사업에 재투자 하는 것으로 피신청인 담당공무원과 협의하여 이 민원 사업을 완료하였다. 그러나 피신청인은 재무감사를 통해 이 민원 환급금의 사용에 대하여 이 민원 사업 계획 변경을 신청하지 않았다는 등의 이유로 이 민원 사업 정산업무에 대한 ‘시정’ 조치와 신청인에게 이 민원 환급금에 대한 ‘회수’ 조치를 처분하였다. 당시 신청인과 협의하였던 피신청인 담당자는 이미 퇴직한 상태이고, 이후 후임자에게 이 민원 환급금이 이 민원 사업에 재투자됨을 인계인수하지 않은 책임이 있으며, 그 동안 피신청인의 안내에 따라 성실하게 모든 절차를 이행하였는데 이와 같이 환수처분을 하는 것은 부당하니 바로잡아 달라.

2. 피신청인의 주장

피신청인은 2020. 9. 23. 및 2020. 12. 21. 보조금사업 대상자 선정 결과, 계획 변경 및 보조금 교부신청 알림 등을 통해 「농림축산식품분야 재정사업관리 기본규정」(이하 ‘이 민원 규정’이라 한다)을 두 차례에 걸쳐 통보하였고, 이 민원 규정 제63조 제5항에 보면 이 민원 환급금을 동일한 사업에 재투자하려는 경우에는 그 내역을 명확히 하여 사업계획에 미리 반영하거나 사업계획변경을 통해 반영하여야 하며, 사업시행기관의 장은 재투자를 승인할 경우 부가가치세 환급금 중 보조비율 만큼은 자부담금으로 인정해서는 안된다고 규정하고 있는바, 당시 구두 합의만으로 이 민원 환급금을 이 민원 사업에 재투자하였다는 것은 타당하지 않다. 따라서 이 민원 규정에 따른 사업계획변경의 절차를 필수적으로 이행하여야만 함에도 이를 이행하지 않은 상태이므로 신청인의 주장을 받아들이기는 어렵고, 신청인의 여건을 충분히 고려하여 이 민원 환수금의 회수에 대한 분납처리 등을 고려하겠다.

3. 사실관계

가. 피신청인은 2020. 8. 14. 이 민원 사업의 추진계획를 수립하였으며 주요 내용은 다음과 같다.

<주요 개요>

- 근거: 「농촌 신활력 플러스 사업 지침」, 「농어업인 삶의 질 향상 및 농어촌 지역 개발 촉진에 관한 특별법」 제19조의4, 제38조, 제39조.

- 지역공동체지원농업 시설 지원사업(CSA)

‧ 총사업비: 총 5억원(국비 2억 8천만 원, 시비 1억2천만 원, 자부담 1억 원)

‧ 사업량: 2개소(개소당 사업비 지원한도 3억 원 이내)

‧ 대상: 로컬푸드를 이용하여 지역공동체지원농업 사업을 추진하고자 하는 조직

- 농가레스토랑 지원사업

‧ 총사업비: 총 1억 5천만 원(국비 8천4백만 원, 시비 3천6백만 원, 자부담, 3천만 원)

‧ 사업량: 2개소(신규, 기존 각 1개소, 개소당 사업비 지원한도 9천만 원 이내)

‧ 대상: 로컬푸드를 이용하여 농가레스토랑 사업을 추진하고자 하는 조직

‧ 내용: 농가레스토랑을 운영하는데 필요한 시설개선(리모델링) 비용 지원, 소규모 농가레스토랑 모델발굴을 통한 농가레스토랑 사업 확대 및 활성화

나. 피신청인은 2020. 9. 23. 신청인을 이 민원 사업대상자로 선정하여 통보하였고, 통보시 이 민원 규정을 붙임 파일로 통보하였으며, 부가가치세 관련 주요 내용은 다음과 같다.

	《이 민원 규정 상 부가가치세 관련 사항》
제63조(집행잔액 등 반납) ④ 사업시행기관의 장은 보조사업 시행으로 발생한 부가가치세 환급금 등은 세외수입으로 계상하여야 하며, 부가가치세 환급금 신청 전이라도 최초 정산 시에 예상되는 부가가치세 환급금 중 보조비율 만큼을 미리 사업비에서 공제하는 것을 원칙으로 한다. ⑤ 제4항에도 불구하고, 부가가치세 환급금을 동일한 사업에 재투자하려는 경우에는 그 내역을 명확히 하여 사업계획에 미리 반영하거나 사업계획변경을 통해 반영하여야 하며, 사업시행기관의 장은 재투자를 승인할 경우 부가가치세 환급금 중 보조비율 만큼은 자부담금으로 인정해서는 아니 된다.

다. 보조금교부신청서(2020. 10. 23.)의 주요 내용은 다음과 같다.

	《보조금교부신청서 주요 내용》
1. 지역공동체지원농업(CSA, Community Supported Agriculture) 시설 지원 사업 - 보조사업자: A - 목적 및 내용: 공동체지원사업의 활성화, 아산 로컬푸드 6차산업 선진지화, 소농 판로 및 생태농업의 지원, 다양한 토종농산물의 생산과 소비촉진, 농촌지역 일자리 창출 및 취약계층 고용, 아산형 공동체지원농업 모델 발굴 및 활성화 - 내용: 공동체지원농업센터 리모델링 및 신축공사(30여평), 농가레스토랑(조리실 매장 포함) 설비 및 인테리어, 옥외물류창고 설치, 사무실 및 화장실 인테리어 - 보조사업에 소요되는 총 경비와 교부받고자 하는 금액: 2억 원, 자부담 5천만 원 2. 농가레스토랑 시설 지원사업 - 보조사업자: A - 목적 및 내용: 지역 생산 농산물 원재료 사용으로 소비 증진, 지역먹거리 외식산업 활성화, 전문인력 및 청년일자리창출, 외암마을 관광객과 마을을 연계 - 내용: 농가레스토랑 인테리어 및 조리시설 개선, 설비공사 - 보조사업에 소요되는 총 경비와 교부받고자 하는 금액: 6천만 원, 자부담 천5백만 원

라. 피신청인은 2020. 11. 30. 신청인에게 지역공동체지원농업 시설 지원사업 보조금 교부 결정액 2억 원, 농가레스토랑 지원사업 보조금 교부 결정액 6천만 원을 통보하면서, 보조금 교부결정서 및 정산지침 등에 유의하여 사업추진에 만전을 기하고, 실적보고 규정에 따라 실적보고서를 제출할 것을 통지하였으며, 보조금 교부결정서상 명시된 주요 유의사항은 다음과 같다.

	《이 민원 관련 보조금교부신청서 주요 내용》
- 보조금을 교부받은자와 사업자는 법령, 보조금교부결정의 내용 및 조건과 법령에 의하여 시장의 처분에 따라 선량한 관리자의 주의로 성실히 보조사업을 수행하여야하며, 그 보조금을 다른 용도로 사용하여서는 안됨 - 보조금을 교부받은자는 사정변경으로 보조사업 내용의 변경, 보조사업의 인계‧중단하고자 할 때에는 사전에 시장의 승인을 얻어야 함

마. 피신청인은 2020. 12. 21. 기 선정된 보조사업자들 중 사업포기가 발생함에 따라 해당 보조금을 나머지 보조사업자에게 균등배분하고자 ‘제6차 아산시 농촌신활력플러스사업 추진위원회’ 서면심의를 하였고, 그 결과 신청인에 대하여는 이 민원 사업을 단일사업으로 추진하고, 총 사업비는 4억 8천7백50만 원으로 변경하였음을 신청인에게 통지하면서 이 민원 규정도 붙임 자료로 통지한 것으로 확인된다.

바. 신청인은 2023. 2. 20. 피신청인에게 이 민원 사업의 완료를 보고하였으며, 주요 내용은 다음과 같다.

	《이 민원 사업 완료 보고 주요 내용》
- 사업명: CSA(공동체지원농업) 및 농가레스토랑 지원사업 - 사업시행장소: (주소 생략) - 보조결정일: 2020. 12. 21. - 사업자(대표): A - 총사업비: 523,537,000 원(국비 273,000,000 원, 시비 117,000,000원, 자기부담액 133,537,000원(당초대비 36,037,710원 증가) - 사업기간: 2020. 12. 21.~ 2022. 12. 31.

사. 피신청인은 2023. 4. 13. 이 민원 사업에 대한 정산검사 결과를 내부보고 하였으며 주요 내용은 다음과 같다.

	《이 민원 사업에 대한 정산검사 주요 내용》
❍ 완료보고서 검토 결과 - 사업실적 확인 결과: 정상추진 - 실적증빙서류(견적서, 사업자등록증, 면허증, 계약서, 사진대지, 전자세금계산서 등) 확인 및 검토 결과 정상 추진되었음을 확인함. - 집행잔액 및 이자발생: 없음 ❍ 정산검사 결과 - 사업추진 및 예산집행 적정 여부: 적정함 (당초 계획 및 목적에 따라 추진) - 자부담 예산집행 여부: 여 - 회계처리 및 증빙자료의 적절성: 적절함 - 검사결과 종합의견: 이상 없음

아. 피신청인 소속 감사위원회는 2023. 11. 6.부터 12. 8.까지 보조사업에 대하여 재무감사를 실시하였고, 이 민원 사업과 관련하여 행정상 ‘시정’, 재정상 ‘회수’처분을 요구하였으며 주요 내용은 다음과 같다.

	《이 민원 사업에 대한 재무감사 주요 내용》
❍ 관계법령 등 - 「부가가치세법」,「지방재정법」,「지방보조금 관리기준」,「국고보조금 통합관리 지침」등 ❍ 위법‧부당 사항 - 보조사업 시행으로 발생한 부가가치세 환급금 등은 세외수입으로 계상하는 것을 원칙으로 규정하고 있음에도 이 민원 사업에 대한 정산검사를 실시하는 과정에서 부가가치세 환급액을 반납하지 않음 ❍ 처분내용 - 행정상: 시정, 재정상: 회수(13,283,290 원)

4. 판단

가. 관계법령 등

<별지>와 같다.

나. 판단 내용

1) 이 민원 환급금 회수 처분 철회 요구 주장에 대하여 살펴보면,

가) 관계기준 상 보조사업자는 교부받은 보조금에 대하여 수입 및 지출을 명백히 구분하여 집행한 후 사업이 완료되거나 회계연도가 끝났을 때에 그 보조사업의 보조금의 정산 후 실적보고서를 작성하여야 하고, 피신청인은 제출받은 실적보고서를 검토‧심사하여 보조사업에 대한 보조금을 확정하여야 하며, 보조사업 시행으로 발생한 부가가치세 환급금 등은 세외수입으로 계상토록 정하고 있는 점,

나) 보조사업자인 신청인은 이 민원 사업 관련 관계규정을 명확히 숙지하여 이 민원 사업을 추진하여야 하는 책임과 의무가 있고, 피신청인이 신청인에게 통보한  「농림축산식품분야 재정사업관리 기본규정」등의 관계 규정에 따르면 부가가치세 환급금을 동일한 사업에 재투자하려는 경우, 그 내역을 명확히 하여 사업계획에 미리 반영하거나 사업계획변경을 통해 반영하도록 정하고 있는 점,

다) 신청인은 부가가치세 환급금에 대하여 피신청인과 사전에 구두 협의하여 추진하였다고 하나, 구두협의를 근거로 인정하기는 어렵다고 보이는 점 등을 종합해 볼 때, 피신청인에게 이 민원 환급금에 대한 회수처분을 철회하도록 요구하기는 어렵다고 판단된다.

2) 이 민원 사업 운영절차 개선의 필요성에 대하여 살펴보면,

피신청인은 보조사업자 선정시 이 민원 규정 등을 붙임 파일로 안내하였음을 주장하나, 보조사업자가 부가가치세 환급 발생시 조치하여야 할 사항을 인지하기는 어려웠을 것으로 보이고, 피신청인마저도 이 민원 사업의 정산을 검토하면서 이 민원 환급금에 대한 검토가 없었으며, 이에 대해 피신청인 소속 감사위원회로부터 감사처분을 받은 점 등을 종합해볼 때, 향후 피신청인이 보조금 사업을 시행하는 경우 부가가치세 환급금 발생시 조치하여야 할 사항 등을 보조사업자에게 구체적으로 안내하고, 보조사업 정산 검토시 부가가치세 환급액 조치의 적정성 등을 검토할 수 있도록 내부 절차를 구체적으로 개선할 필요가 있다고 판단된다.

5. 결 론

그러므로 이 민원 사업의 운영 절차와 관련하여 개선의 필요성이 인정되므로 ｢부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률｣ 제46조 제2항에 따라 피신청인에게 의견을 표명하기로 하고, 신청인의 나머지 신청은 심의안내하기로 하여 주문과 같이 의결한다.

<별지> 관계법령 등

▣ ｢부가가치세법｣

제49조(확정신고와 납부) ① 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간이 끝난 후 25일(폐업하는 경우 제5조제3항에 따른 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 다만, 제48조제1항 및 제4항에 따라 예정신고를 한 사업자 또는 제59조제2항에 따라 조기에 환급을 받기 위하여 신고한 사업자는 이미 신고한 과세표준과 납부한 납부세액 또는 환급받은 환급세액은 신고하지 아니한다.

② 사업자는 제1항에 따른 신고(이하 “확정신고”라 한다)를 할 때 다음 각 호의 금액을 확정신고 시의 납부세액에서 빼고 부가가치세 확정신고서와 함께 각 납세지 관할 세무서장(제51조의 경우에는 주된 사업장 소재지의 관할 세무서장을 말한다)에게 납부하거나 「국세징수법」에 따른 납부서를 작성하여 한국은행등에 납부하여야 한다.

1. 제59조제2항에 따라 조기 환급을 받을 환급세액 중 환급되지 아니한 세액

2. 제48조제3항 본문에 따라 징수되는 금액

▣ ｢지방보조금 관리기준｣

제19조(지방보조사업 실적보고 및 집행잔액 등 반납) ① 지방자치단체의 장은 지방보조사업이 완료되었을 때, 폐지의 승인을 한 때 또는 회계연도가 끝났을 때에는 법 제17조와 시행령 제10조에 따라 지방보조사업자등으로부터 정산보고서 등이 포함된 실적보고서를 제출받아야 하며 집행잔액과 지방보조금으로 발생한 이자, 지방보조사업의 수익금(교부목적에 위배되지 않는 범위 내에서 지방보조금으로 인해 발생한 수익금을 반환하도록 교부조건에 명시한 경우에 한한다)을 반납받아야 한다.

② 지방보조사업 시행으로 발생한 부가가치세 환급금 등은 세외수입으로 계상하는 것을 원칙으로 한다. 다만 부가가치세 환급금을 동일한 사업에 재투자 하고자 할 경우에는 그 내역을 명확히 하여 사업계획에 미리 반영하거나 사업계획을 변경하여 사용할 수 있다.

③ 지방자치단체의 장은 지방보조금 집행잔액과 이자, 지방보조사업의 수익금의 반납기한을 반납금액, 결산일정 등을 감안하여 정하되 사업이 완료된 해의 다음 연도 내에는 반납이 완료될 수 있도록 하여야 한다.

④ 지방자치단체의 장은 정당한 사유 없이 지방보조사업의 실적보고서를 제출하지 않은 지방보조사업자에 대해서는 지방보조금을 추가로 교부하여서는 아니된다.

⑤ 지방자치단체의 장은 지방보조사업자의 재정부담능력을 고려하여 법 제17조제2항에 따른 정산보고서의 검증 비용을 지방보조금에서 지출하는 것을 승인할 수 있다.

▣ ｢국고보조금 통합관리 지침｣

제26조(보조사업 실적보고 및 집행잔액 등 반납) ① 중앙관서의 장은 보조사업이 완료되었을 때, 폐지의 승인을 한 때 또는 회계연도가 끝났을 때에는 「보조금법」제27조와 「보조금법 시행령」제12조에 따라 보조사업자 등으로부터 정산보고서 등이 포함된 실적보고서를 제출 받아야 하며 집행잔액과 보조금으로 발생한 이자, 보조사업의 수익금(교부목적에 위배되지 않는 범위내에서 보조금으로 인해 발생한 수익금을 반환하도록 교부조건에 명시한 경우에 한한다)을 반납 받아야 한다.

② 보조사업 시행으로 발생한 부가가치세 환급금 등은 세외수입으로 계상하는 것을 원칙으로 한다. 다만 부가가치세 환급금을 동일한 사업에 재투자 하고자 할 경우에는 그 내역을 명확히 하여 사업계획에 미리 반영하거나 사업계획을 변경하여 사용할 수 있다.

③ ~  ⑧ 생략

▣ ｢농림축산식품분야 재정사업관리 기본규정]

제63조(집행잔액 등 반납) ① ~  ③ 생략

④ 사업시행기관의 장은 보조사업 시행으로 발생한 부가가치세 환급금 등은 세외수입으로 계상하여야 하며, 부가가치세 환급금 신청 전이라도 최초 정산 시에 예상되는 부가가치세 환급금 중 보조비율 만큼을 미리 사업비에서 공제하는 것을 원칙으로 한다.

⑤ 제4항에도 불구하고, 부가가치세 환급금을 동일한 사업에 재투자하려는 경우에는 그 내역을 명확히 하여 사업계획에 미리 반영하거나 사업계획변경을 통해 반영하여야 하며, 사업시행기관의 장은 재투자를 승인할 경우 부가가치세 환급금 중 보조비율 만큼은 자부담금으로 인정해서는 아니 된다.

이에 주문과 같이 의결한다.

2024년  5월  27일

위원장   권 석 원

위  원   홍 봉 주

위  원   최 진 영