국 민 권 익 위 원 회

제 2 소 위 원 회

의    결

의안번호  제2024-2소위23-재01호

민원표시  2AA-2311-0518527  법인세 부과처분 취소

신 청 인  A

대 리 인  B

피신청인  C

관계기관  D

의 결 일  2024. 7. 22.

주     문

피신청인에게, 신청인의 1989사업연도 법인세 000원 중 000원을 초과하는 부분 및 방위세 000원 중 000원을 초과하는 부분을 각 취소할 것을 의견표명한다. 다만, 이 민원 관련 분쟁이 장기간 지속됨으로 인해 환급가산금이 과다하게 발생한 사정 등을 감안하여 피신청인이 위와 같이 법인세 등을 취소하는 경우 환급가산금을 지급하지 않는 방안을 함께 고려하기로 한다.

이     유

1. 신청원인

가. 신청인은 해운업을 영위하는 법인인데, 1989. 7. 1. 구 「조세감면규제법」(1987. 11. 28. 법률 제3939호로 개정된 것) 제56조의2에 따라 주식을 상장하는 것을 전제로 소유 재산에 대하여 자산재평가를 실시하고, 그 재평가차액 000원을 「법인세법」(1989. 12. 30. 법률 제4165호로 개정된 것) 제15조 제1항 제5호에 따라 익금에 산입하지 아니한 채 1990. 3. 31. 1989사업연도 법인세를 신고·납부하였다.

나. 피신청인은 2004. 1. 16. 신청인이 재평가세 특례 혜택을 받고 의무적 주식 상장기한인 2003. 12. 31.까지 주식을 상장하지 아니하였다는 이유로 신청인에게 구「조세감면규제법」부칙(1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정된 것) 제23조 제1항(이하 ‘이 민원 부칙규정’이라 한다)을 적용하여 1989사업연도 법인세 000원(과소신고가산세 및 미납부가산세 000원 포함)과 방위세 000원(가산세 000원 포함)(이하 ‘이 민원 원처분’이라 한다)을 신청인에게 고지하였다.

다. 신청인은 이 민원 원처분에 대해 2004. 3. 5. 국세심판원에 심판청구를 제기하였고, 국세심판원은 2005. 3. 28. 이 민원 원처분 중 과소신고가산세와 미납부가산세를 취소하는 일부 인용결정을 하였다.

라. 이후 신청인은 2005. 6. 16. 이 민원 부칙규정은 1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전부 개정된 구 「조세감면규제법」(이하 ‘이 민원 조감법’이라 한다)의 시행에 따라 실효되었다는 취지로 이 민원 원처분에서 국세심판원 감액금액을 차감한 부과처분(이하 ‘이 민원 부과처분’이라 한다)에 대한 취소소송(이하 ‘이 민원 소송’이라 한다)을 제기하였으나, 대법원에서 최종 패소(이하 ‘이 민원 판결’이라 한다) 확정되었다.

마. 한편 신청인이 이 민원 소송 진행 중에 이 민원 부칙규정에 대해 서울고등법원에 위헌법률심판제청을 신청하였으나 서울고등법원은 제청신청을 기각하였고, 이에 신청인이 헌법재판소에 헌법소원심판을 청구하였는데 헌법재판소는‘이 민원 조감법의 시행에도 불구하고 이 민원 부칙규정이 실효되지 않은 것으로 해석하는 것은 헌법에 위반됨을 확인한다’라고 결정(이하 ‘이 민원 한정위헌결정’이라 한다)하였다.

바. 이에 신청인은 대법원에 이 민원 소송의 취소를 구하는 재심의 소를 제기하였는데 대법원은 헌법재판소의 이 민원 한정위헌결정에도 불구하고 이 민원 판결이 정당하다고 보아 신청인의 재심청구를 기각(이하 ‘이 민원 재심기각판결’이라 한다)하였다.

사. 신청인은 다시 헌법재판소에 이 민원 재심기각판결의 취소를 구하는 헌법소원심판을 청구하였고 헌법재판소는 대법원의 이 민원 재심기각판결에 대해 신청인의 재판청구권을 침해한 것이라고 결정(이하 ‘이 민원 재심취소결정’라 한다)하여 신청인은 또다시 대법원에 재심을 청구하였고 현재 소송(이하 ‘이 민원 재심소송’이라 한다)이 진행 중이다.

아. 한정위헌결정의 기속력 유무를 둘러싼 대법원과 헌법재판소의 견해 차이가 30년이 넘도록 해결되고 있지 않은 상황에서 이 민원 관련 사안에 대해 대법원에서 이 민원 재심소송이 진행 중에 있지만, 대법원이 견해를 바꾸어 신청인의 주장을 받아들일 가능성이 희박하고 우리나라 사법체계상 이를 해소할 규정 또한 없어 이 민원이 언제 해결될지 기약할 수 없는 상황이니 국민권익위원회에서 이 민원 부과처분을 취소해 달라.

자. 아울러, 신청인은 2024. 4. 4. 이 민원 부과처분의 취소시 발생하는 환급가산금에 대해서 일정부분을 양보할 의사가 있으므로 우리 위원회가 신청인의 의사를 피신청인으로 하여금 수용할 수 있도록 조정해 달라는 의견서를 추가로 제출하였다.

2. 피신청인의 주장

가. 「부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률」(이하 ‘부패방지권익위법’이라 한다) 제43조 제1항 제4호는 “행정심판, 행정소송, 헌법재판소의 심판이나 감사원의 심사청구, 그밖의 다른 법률에 따른 불복구제 절차가 진행중인 사항”은 이송 또는 각하 대상으로 규정하고 있는데, 이 민원은 대법원에 이 민원 재심소송이 진행 중에 있으므로 부패방지권익위법에 따른 고충민원의 처리대상이 아니다.

나. 또한 이 민원 부과처분이 부당하다는 법원의 판결이 확정되지 않은 상태에서 이 민원 부과처분을 변경 또는 취소하는 것은 불가하므로 신청인의 주장을 수용할 수 없다.

3. 사실관계

가. 신청인은 1969. 12. 31. 설립되어 서울 00구에서 해상운송업을 영위하고 있는 법인이다.

나. 신청인은 구 「조세감면규제법」(1987. 11. 28. 법률 제3939호로 개정된 것) 제56조의2에 따라 처음으로 주식을 상장하는 것을 전제로 소유 재산에 대해 1989. 6. 30. 피신청인에게 자산재평가 착수보고한 후 1989. 7. 1. 기준으로 자산재평가를 실시하고 1989. 11. 27. 자산재평가신고서를 제출하였다.

다. 피신청인이 1989. 12. 18. 신청인에게 통보한 자산재평가 결정통지서에 따르면, 신청인의 자산재평가차액 000원 중 이월결손금 000원을 차감한 과세표준 000원에 대하여 3%의 재평가세 000원을 납부한 후 나머지 000원을 자본에 전입하도록 통지하였고, 신청인은 1990. 3. 31. 재평가차액을 법인소득금액계산시 익금불산입항목으로 세무조정하여 1989사업연도 법인세000원 및 방위세 000원을 신고·납부하였다.

라. 한편 신청인은 1990년 한국증권거래소에 주식을 상장하기 위하여 증권감독원에 유가증권 등록법인신청을 하였으나, 수시감리결과 신청인의 감사보고서 중 선박에 대한 감가상각비를 과소계상하는 등 분식회계한 사실이 있음이 밝혀져 주식을 제때 상장하지 못하였다.

마. 또한 신청인은 2002. 3. 15. 한국증권거래소에 주권예비상장심사청구서를 제출하였다가 주당 평가액이 000원인 신청인의 주당 상장예정가격이 000원 ~ 000원 정도로 너무 낮게 결정될 것으로 추정되자 상장심사청구를 취하하였다.

바. 이후 신청인은 2007. 10. 26. 공모가 000원으로 한국증권거래소에 상장한 것으로 확인된다.

사. 기업공개시 재평가차익에 대한 과세특례를 규정한 구「조세감면규제법」(1987. 11. 28. 법률 제3939호로 개정된 것)과 같은 법 시행령이 여러차례 개정되면서 주식의 상장기한이 최종적으로 2003. 12. 31.까지로 연장되었는데, 피신청인은 신청인이 상장기한인 2003. 12. 31.까지 주식을 상장하지 아니하였다는 이유로 이 민원 부칙규정에 따라 자산재평가차액 000원을 자산재평가차액이 아닌 임의평가차액으로 보고 법인세 과세표준 및 세액계산에서 익금에 산입하여 2004. 1. 16. 신청인에게 이 민원 원처분을 하였다.

아. 신청인은 이 민원 원처분에 불복하여 2004. 3. 5. 국세심판원에 심판청구를 제기하였는데 그 청구사유는 아래와 같다.

(1) 이 건의 과세근거가 되는 법률 규정인 이 민원 부칙규정에 규정된 “주식을 상장하는 경우”라는 과세요건은 구 「조세감면규제법」 제56조의2 및 이 민원 부칙규정의 입법취지에 비추어 볼 때 납세자의 귀책사유로 인하여 주식을 상장하지 아니한 경우를 의미하므로 신청인이 주식을 상장하지 못한데는 아무런 귀책사유가 없으므로 이 민원 부칙규정의 과세요건에 해당하지 아니하여 과세처분은 부당하다

(2) 신청인은 자산재평가를 실시하여 자본에 전입한 주식에 대해 상장의무를 다하기 위해 최선을 다했고 그 와중에 정책당국의 결정에 따라 상장기한은 계속 연장되었으며, 자산재평가로 인한 평가차익에 법인세가 부과되지 않을 것이라는 정당한 신뢰를 형성하여 온 것임에도 어느시점에 상장기한 연장을 중지한 것은 조세법률주의·실질적 법치주의 또는 신뢰보호의 원칙에 반하는 것으로 부당하다.

(3) 신청인이 자산재평가를 실시한 것은 1989사업연도이고 피신청인도 1989사업연도 법인세 등을 과세한바 이 민원 원처분은 법인세의 부과제척기간인 5년을 경과하여 과세한 것으로 위법한 과세처분이다.

(4) 신청인은 당초 1989사업연도 법인세 신고시 과소신고·납부한 사실이 없고 상장기한이 도과하기 전까지는 본세의 납세의무가 성립·확정되지 않았고, 상장기한 도과 후에도 신고·납부의무 이행에 충분한 기간을 부여받지 못했으므로 신청인에게 가산세를 부과한 것은 부당하다.

자. 국세심판원은 2005. 3. 28. ‘이 민원 원처분 중 과소신고가산세 및 미납부가산세는 과세하지 않는다’는 일부 인용결정(국심 ****서****)을 하였고, 신청인의 나머지 청구는 기각하였는데, 결정문

(1) 1989사업연도에 ‘자산재평가’라는 과세요건 사실이 발생하여 ‘재평가차익’이라는 회계상 수익이 발생하였고, 「법인세법」상 과세가능한 수익(재평가차액)이 발생하였으나, 정부가 기업공개촉진이라는 정책목적을 달성하기 위하여 재평가차액에 대해 3%의 재평가세를 징수하는 대신 구 「조세감면규제법」 제56조의2 제1항의 규정에 의하여 일정기한내 상장을 조건으로 법인세를 감면하였으나 신청인이 2003. 12. 31.까지 상장의무를 이행하지 못했으므로 재평가차익에 대하여 감면하였던 법인세를 추징하는 것이 타당하다 할 것이다. 신청인은 기업공개를 하지 못한 귀책사유가 신청인에게 없으므로 이 민원 부칙규정의 과세요건에 해당되지 아니한다는 주장이나, 이 건의 경우 위에서 살펴본 바와 같이 신청인이 자산재평가를 실시한 후 상장기한인 2003. 12. 31.까지 주식을 상장하지 못함에 따라 재평가 당시 구 「조세감면규제법」 제56조의2 제1항 단서규정에 의하여 ‘자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다’는 과세요건이 성립되어 「법인세법」상의 임의평가차익으로 보아 과세한 것으로 신청인이 주식상장의무불이행에 대한 귀책사유가 없음을 들어 과세가 부당하다는 신청인의 주장은 이유없는 것으로 판단된다.

(2) 살피건대, 구「조세감면규제법」 제56조의2 및 이 민원 부칙규정과 구「조세특례제한법 시행령」 제138조의 규정에 의하여 신청인이 기업공개 시한인 2003. 12. 31.까지 기업공개를 하지 아니하였다 하여 재평가차액을 익금산입하여 과세한 것이므로 실질적 조세법률주의 및 실질적 법치주의에 위배된다는 신청인의 주장은 타당하지 아니하며, 또한 피신청인이 기업공개를 하지 않는 경우 재평가차익에 대해 과세하지 아니하겠다는 공적인 견해표명을 한 바도 없으므로 신뢰보호의 원칙에 위배된다는 신청인의 주장은 사실관계 및 관련 법령을 오해한 것이라고 판단된다.

(3) 이 건의 경우‘자산재평가’라는 과세요건 사실이 1989사업연도에 발생하였으나, 재평가차액에 대해 재평가세만 과세하고 당해 사업연도 법인 소득금액 계산시에는 익금불산입하여 법인세를 감면하였다가 ‘상장기한 종료시까지 주식 미상장’이라는 추징요건에 해당되어 감면하였던 법인세를 추징한 것으로, 이 경우 국세부과 제척기간의 기산일은 「국세기본법 시행령」 제12조의3 제2항 제3호에서 규정하고 있는 ‘그 공제 또는 면제받은 국세를 징수할 사유가 발생한 날’, 즉 ‘상장기한 종료일의 다음날’이 되는 것이므로 2004. 1. 16. 과세된 이 민원 원처분은 부과제척기간이 경과된 후의 처분에 해당하지 아니한다 할 것이다.

(4) 신청인이 자산재평가일이 속하는 과세연도에 법인세 과세표준 및 세액을 적법하게 신고하였으나 상장유예기간 종료일까지 상장을 완료하지 못하여 당초 감면받았던 법인세 등에 대한 징수사유가 발생한 것으로 피신청인은 당초 감면했던 세액을 추징할 수는 있으나, 신청인이 새로이 과세표준 및 세액에 대해 신고할 의무는 없으므로 과소신고가산세를 부과할 수 없다 할 것이다. (중략) 신청인이 자진납부하기 전에 피신청인이 미리 납세고지를 하여 신청인이 자진납부 할 기회를 상실한 점이 있으며, 감면세액의 추징에 따른 징수세액의 납부기한에 대해서는 대부분의 입법례가 ‘징수사유가 발생한 날이 속하는 과세기간의 법인세 과세표준 및 세액의 신고기한(이 건 2004. 3. 31.)까지 납부할 수 있다’고 규정(조세특례제한법 제63조 제2항, 같은 법 제146조 등 참조)하고 있는바, 이러한 기준에 의하더라도 피신청인은 적어도 당초 감면세액을 징수할 사유가 발생한 날이 속하는 법인세 과세표준 및 세액의 신고기한까지는 미납부 가산세를 징수할 수 없다고 판단된다(국심 ****서****, 2005. 1. 31. 합동회의 같은 뜻임).

내용은 아래와 같다.

차. 피신청인은 국세심판원의 결정에 따라 2005. 3. 30. 이 민원 원처분 중 법인세 과소신고가산세 및 미납부가산세 000원과 방위세 과소신고가산세 및 미납부가산세 000원을 감액결정(이 민원 부과처분)하였다.

카. 신청인은 이 민원 부과처분에 대하여 2005. 6. 16. 서울행정법원에 피신청인을 상대로 다음과 같은 취지로 이 민원 소송을 제기하였다.

(1) 피신청인이 이 민원 부과처분을 함에 있어 적용한 근거 법률은 이 민원 부칙규정과 이를 모법으로 한 구 「조세특례제한법 시행령」(2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정된 것) 제138조라 할 것인데 구 「조세감면규제법」은 1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문개정되어 1994. 1. 1.자로 시행된 구 「조세감면규제법」으로 그 효력을 상실하였고, 모법인 구 「조세감면규제법」이 효력이 없는 이상 하위 규정인 위 「조세특례제한법 시행령」 역시 근거규정이 없는 무효의 규정이라 할 것이므로 이 민원 부과처분은 무효의 규정에 근거한 것으로서 조세법률주의에 위배된다.

(2) 구 「조세감면규제법」이 1994. 1. 1.부터 효력이 없으므로 이 민원 부과처분의 근거 규정은 1990. 12. 31. 대통령령 제13202호로 개정된 「조세감면규제법 시행령」이 될 수 있으나, 위 「조세감면규제법 시행령」 제66조는 상장기간을 재평가일로부터 5년으로 규정하고 있고, 이에 따르면 피신청인이 국세를 부과할 수 있는 날(재평가일인 1989. 7. 1.부터 상장기간인 5년이 경과한 다음날인 1994. 7. 1.이다)로부터 「국세기본법」 제26조의2 소정의 제척기간인 5년간 과세를 하지 아니하였으므로 이 민원 부과처분의 제척기간은 1999. 7. 1.자로 도과하였다.

(3) (생략) 자본시장 육성을 위하여 기업공개시 재평가특례를 규정하고 있는 1987. 11. 28. 법률 제3939호로 개정된 구 「조세감면규제법」과 경과규정인 구 「조세감면규제법」 부칙의 입법취지에 비추어 볼 때 이를 납세자의 귀책사유로 인하여 주식을 상장하지 아니한 경우로 한정적으로 해석하여야 할 것이다. 그런데 신청인이 상장하지 아니한 것은 신청인의 귀책사유로 인한 것이 아니라 재평가특례를 장려하던 정부의 정책이 상장회사의 과도한 진입으로 인한 주식시장의 침체를 우려하여 상장요건을 강화하는 쪽으로 변화된 것에 기인한 것이므로 결국 신청인은 이 민원 부칙규정 소정의 주식을 상장하지 아니하는 경우에 해당하지 아니하여 이 민원 부과처분은 과세요건을 결하였다.

(4) 신청인이 당초 자산재평가를 실시한 것은 정부 당국의 상장 장려정책에 호응하고 나아가 상장요건에 관해 별 무리 없이 충족할 수 있는 것으로 신뢰하였기 때문이고, 또한 증시의 침체 등으로 인하여 여러 차례 상장기한의 연장을 통하여 신청인은 상장기간의 연장이 계속되어 과세가 되지 않을 것을 신뢰하고 있었음에도 불구하고 별다른 사정 변경이 없었음에도 상장기간의 연장을 중단하고 이 민원 부과처분을 한 것은 신청인의 정당한 신뢰를 침해한 것으로 위법하다.

타. 서울행정법원은 2006. 4. 21. 기각 판결(****구합*****)을 하였는데, 판결문의 내용은 다음과 같다.

(1) 구 「조세감면규제법」이 법인세 부과 근거규정을 삭제하면서 부칙에서 경과규정을 두고 있다가 전문개정되면서 그 근거규정이나 경과규정을 두고 있지 않다고 하더라도 특별한 규정이 없는 한 법인세 부과 근거규정이나 부칙의 경과규정이 소급적으로 실효된다고는 할 수 없고, 따라서 전문개정 법률이 시행되기 이전에 과세요건이 성립된 경우에는 여전히 종전 법률이 적용됨은 당연하다.

(2) 이 민원 부과처분에는 구 「조세감면규제법」이 적용되고, 이를 모법으로 하여 신설되고 개정된 「조세특례제한법 시행령」에 의하면 상장기간은 2003. 12. 31.까지라 할 것이므로 그 때까지 상장을 이행하지 아니하였다면 그때 비로소 과세요건을 충족한다고 할 것이다. 그렇다면 이 민원 부과처분은 제척기간의 기산일로부터 5년 내에 이루어진 것이 역수상 명백하므로, 신청인의 위 주장 또한 받아들일 수 없다.

(3) 이 민원 부칙규정은 ‘재평가일로부터 대통령령이 정하는 기간 이내에 한국증권거래소에 주식을 상장하지 아니하는 경우에 한하여 이미 행한 재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다’라고만 규정하고 있을 뿐, 주식을 상장하지 아니하는 경우의 전제조건으로 ‘납세자의 귀책사유가 있을 것’을 규정하고 있지 아니하다. 가사 납세자의 귀책사유로 인하여 상장을 하지 아니한 경우에 한하여 자산재평가법에 의한 평가로 보지 아니한다고 위 규정을 한정·해석한다 하더라도 갑8 내지 14호증의 각 기재에 의하면, 신청인은 주식 상장을 위하여 증권감독원에 유가증권 등록법인신청을 하였으나 수시감리결과 신청인의 감사보고서 중 선박에 대한 감가상각비를 과소계상하는 등 분식회계 사실이 밝혀져 결국 주식을 제때 상장하지 못했던 점을 알 수 있어 정부가 주식시장의 과잉공급을 이유로 주식회사의 상장요건을 엄격하게 요구하였다는 사정이 있다 하더라도 이러한 사정만을 들어 그 상장요건을 충족하지 못한 것이 신청인 귀책사유에 기인한 것이 아니라고 단정할 수도 없으므로, 신청인의 주장 또한 받아들일 수 없다.

(4) 「조세감면규제법 시행령」과 「조세특례제한법 시행령」이 수회에 걸쳐 개정되면서 주식의 상장기간이 연장된 것은 기업공개에 따른 주식물량의 과다공급으로 주식시장에 미치는 파급효과를 고려한 측면도 있고, 그 한편으로 재평가특례 규정에 의하여 자산재평가를 한 법인의 사정 등을 종합적으로 고려한 것으로도 풀이되나, 상장기간이 수년간 연장된 사정이 있다 하더라도 이를 두고 장래에 계속적·항시적으로 상장기간을 연장하겠다거나 기업공개시의 재평가특례규정을 근거로 자산재평가를 한 법인에 대하여 구 「조세감면규제법」에 따라 법인세를 부과하지 않겠다는 신뢰관계가 신청인과 정부 및 피신청인에게 형성되었다고 볼 수 없고, 따라서 2001. 12. 31. 개정된 「조세특례제한법 시행령」에서 주식의 상장기간을 2003. 12. 31.까지로 명시한 후 더 이상 상장기간을 연장하지 않았다고 하더라도 신청인이 신의칙 위반을 주장할 수는 없다 할 것이므로, 신청인의 위 주장 또한 받아들일 수 없다.

파. 신청인은 2006. 5. 18. 서울고등법원에 항소하였는데, 서울고등법원은 2009. 1. 23. 아래와 같이 신청인의 항소를 기각(****누*****)하였다.

법률의 개정시에 종전 법률 부칙의 경과규정을 개정하거나 삭제하는 명시적인 조치가 없다면 개정 법률에 다시 경과규정을 두지 않았더라도 부칙의 경과규정이 당연히 실효되는 것은 아니지만 개정 법률이 전문 개정인 경우에는 기존 법률을 폐지하고 새로운 법률을 제정하는 것과 마찬가지여서 종전의 본칙은 물론 부칙규정도 모두 소멸하는 것으로 보아야 하므로 종전 법률 부칙의 경과규정도 실효된다고 보는 것이 원칙이지만, 특별한 사정이 있는 경우에는 그 효력이 상실되지 않는다고 보아야 할 것인바(대법원 2002. 7. 26. 선고 2001두11168 판결 등 참조), 여기에서 말하는 ‘특별한 사정’이라 함은 전문 개정된 법률에서 종전의 법률 부칙의 경과규정에 관하여 계속 적용한다는 별도의 규정을 둔 경우뿐만 아니라 그러한 규정을 두지 않았다고 하더라도 종전의 경과규정이 실효되지 않고 계속 적용된다고 보아야 할 만한 예외적인 특별한 사정이 있는 경우도 포함된다고 할 것이고, 이 경우 예외적인 ‘특별한 사정’이 있는지 여부를 판단함에 있어서는 종전 경과규정의 입법 경위 및 취지, 전문 개정된 법령의 입법 취지 및 전반적인 체계, 종전의 경과규정이 실효된다고 볼 경우 법률상 공백상태가 발생하는지 여부, 기타 제반 사정을 종합적으로 고려하여 개별적, 구체적으로 판단하여야 한다. 그런데 이 민원 부칙규정은 자산재평가 특례제도 규정인 종전의 구 「조세감면규제법」 제56조의2가 삭제되면서 위 규정에 의하여 이미 자산재평가를 실시한 법인만을 사후적으로 규율하기 위하여 당해 법인의 상장기한 및 미상장시 기존의 자산재평가의 효력(제1항), 법인이 자산재평가를 취소한 경우의 효력(제2항) 등을 정하는 한편, 그 상장기간에 대하여만 대통령령에 구체적으로 위임하였으므로, 전문 개정된 「조세감면규제법」에서 이 민원 부칙규정을 계속 적용한다는 내용의 경과규정 등을 두지 않더라도 이미 폐지된 자산재평가 특례제도와 관련된 사항을 충분히 규율할 수 있다고 보아 전문 개정된 「조세감면규제법」은 이에 대한 별도의 경과규정을 두지 않은 것으로 보이는 점, 전문 개정된 조세가「조세감면규제법」의 시행으로 인하여 이 민원 부칙규정의 효력이 1994. 1. 1.자로 상실되는 것으로 본다면 종전의 「조세감면규제법」 제56조의2에 따라 자산재평가를 실시한 법인에 대하여는 사후관리가 불가능하게 되는 법률상 공백상태에 이르게 되는 점, 이에 따라 상장기한 내에 상장을 하지 않은 법인에 대하여는 이미 실시한 자산재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 않게 됨에도 불구하고 그 재평가차액을 당해 재평가일이 속하는 사업연도의 소득금액계산상 익금에 산입하지 못하거나(이 민원 부칙규정 제1항의 실효) 재평가를 취소한 법인에 대하여는 재평가된 자산가액을 기초로 계상한 감가상각비나 양도차익 등을 재계산하지 못한다면(이 민원 부칙규정 제2항의 실효), 이는 종전의 「조세감면규제법」 제56조의2에 따른 자산재평가를 실시하지 아니한채 원가주의에 입각하여 법인세 등을 신고·납부하여 온 법인이나 상장기한 내에 상장을 실시한 법인에 비하여 합리적인 이유 없이 우대하는 결과가 되어  조세공평주의에 반하게 되는 점, 반면에 종전의 「조세감면규제법」 제56조의2에 의하여 이미 자산재평가를 한 법인에 대하여 이 민원 부칙규정을 적용하여 과세하더라도 이를 두고 신청인에게 예측하지 못한 부담을 지우는 것으로서 법적 안정성을 해친다고 보기 어려운 점 등을 종합하여 보면, 이 민원 부칙규정은 전문 개정된 「조세감면규제법」의 시행에도 불구하고 실효되지 않았다고 볼 ‘특별한 사정’이 있다고 보아야 할 것이다(대법원 2008. 11. 27. 선고 2006두19419 판결 참조).

하. 신청인은 대법원에 상고하였는데, 대법원은 2011. 4. 28. 신청인의 상고를 기각하는 이 민원 판결(****두****)을 하였다.

거. 한편 신청인은 이 민원 소송 진행 중에 서울고등법원에 이 민원 부칙규정에 대한 위헌법률심판제청을 신청하였으나, 서울고등법원은 이를 기각하였고 이에 2009. 2. 27. 헌법재판소에 이 민원 부칙규정에 대하여 헌법소원심판을 청구하였는데, 헌법재판소는 아래와 같이 이 민원 한정위헌결정[헌재 2012. 7. 26. ****헌바**·**(병합)] 하였다.

과세요건법정주의 및 과세요건명확주의를 포함하는 조세법률주의가 지배하는 조세법의 영역에서는 경과규정의 미비라는 명백한 입법의 공백을 방지하고 형평성의 왜곡을 시정하는 것은 원칙적으로 입법자의 권한이고 책임일 따름이다. 과세형평상의 구체적 타당성을 내세운다 하더라도 이미 실효된 법률조항을 유효한 것으로 의제하여 과세의 근거로 삼는 것은 과세근거의 창설을 국회가 제정하는 법률에 맡기고 있는 헌법상의 권릭분립원칙과 조세법률주의의 원칙에 근본적으로 반하는 것이다. 이 민원 부칙규정도 법인세의 과세요건을 설정하는 근거조항이므로 조세법률주의의 원칙상 법률조항의 문구에 충실하도록 엄격한 해석이 요구된다. 따라서 이 민원 부칙규정에 관하여는 이를 계속 적용한다는 등의 규정을 두지 않았고, 이 민원 부칙규정은 이 민원 조감법의 시행에도 불구하고 이 민원 부칙규정과 관련된 규율을 하지 않음으로써 생긴 입법상의 흠결을 보완하기 위하여 ‘특별한 사정’을 근거로 이 민원 부칙규정이 실효되지 않은 것으로 해석하는 것은 헌법상의 권력분립원칙과 조세법률주의의 원칙에 위배된다고 할 것이다.

너. 신청인은 이 민원 한정위헌결정이 「헌법재판소법」제75조 제7항에서 정한 재심사유에 해당한다는 사유로 2012. 9. 4. 대법원에 재심을 청구하였는데, 대법원은  2013. 3. 28. 아래와 같은 사유로 이 민원 재심기각판결(****재두***)을 한 것으로 확인된다.

(1) 법률조항 자체는 그대로 둔 채 그 법률 조항에 관한 특정한 해석, 적용만을 위헌으로 선언하는 이른바 한정위헌결정에 관하여는 「헌법재판소법」 제47조가 규정하는 위헌결정의 효력을 부여할 수 없으며, 그 결과 한정위헌결정은 법원을 기속할 수 없고 재심사유가 될 수 없다는 것이 확립된 대법원의 판례이다. (중략) 종전의 법률이 개정되면서 그 부칙의 경과 규정이 개정법률에 반영되지 아니한 경우 개정 법률 아래서 어떤 기준으로 그 부칙의 경과규정이 효력을 유지 또는 상실하는 것인지를 정하고 어떠한 사정 아래에서 그러한 기준이 충족되는 것으로 보아 구체적인 사건에 적용된다고 할 것인지는 그 개정 법률 및 경과 규정의 효력과 적용 범위에 관한 해석·적용의 문제이다. (중략) 이는 사법작용의 본질적인 부분인 법률의 해석, 적용에 관한 판단을 한 것이지 법률조항 자체가 헌법에 위반되는지 여부를 판단한 것이 아니다. 이 민원 한정위헌결정은 이 민원 부칙규정이 이 민원 조감법 시행 이후 과세처분의 근거조항으로서 효력이 유지된다는 법률의 해석·적용이 헌법에 위반되는지 여부에 관하여 판단한 것이다. 이는 법원의 권한과 책무에 속하는 사항으로서 법률조항의 해석·적용을 한 것이지 법률조항 자체가 헌법에 위반되는지 여부를 판단한 것이 아니다. 결국 이 민원 한정위헌결정은 법적근거가 없이 행하여진 것으로 이 민원 한정위헌결정으로 이 민원 부칙규정의 전부나 일부의 효력이 상실되는 결과를 가져오지 아니하므로 이는 「헌법재판소법」 제75조 제7항이 규정한‘헌법소원이 인용된 경우’에 해당하지 아니한다. 따라서 신청인의 헌법소원과 관련된 당해 소송사건에서 재심대상판결이 선고됨으로써 그 소송사건이 확정된 후 헌법재판소에서 이 민원 한정위헌결정이 선고되었다고 하여 재심사유가 존재한다고 할 수 없다.

대법원 1996. 4. 9. 선고 95누11405 판결, 대법원 2001. 4. 27. 선고 95재다14 판결 등 참조

(2) 이 민원 부칙규정 제1항의 입법 경위와 취지 및 문언 내용 등에 비추어 보면 이 민원 부칙규정은 이 민원 부칙규정의 시행일인 1991. 1. 1. 당시 이미 구 「조세감면규제법」 제56조의2 제1항 단서에서 정한 상장기한인 ‘재평가일부터 2년’이 경과하였으나 아직 주식을 상장하지 못한 법인에도 적용되어 그 상장기한이 개정 전 「조세감면규제법 시행령」제66조에서 정한 ‘재평가일은 5년’으로 연장되었다고 봄이 타당하다. 그런데 만약 이 민원 조감법의 시행에 따라 이 민원 부칙규정이 실효되어 더 이상 적용할 수 없다고 보면, 이 민원 조감법의 시행일인 1994. 1. 1.(이 민원 부칙규정의 시행일인 1991. 1. 1.로부터는 3년이 경과한 날이다) 당시 똑같이 주식을 상장하지 못한 법인이라도, 개정 전「조세감면규제법 시행령」제66조에서 정한 상장기한인 ‘재평가일부터 5년’이 이미 경과한 법인의 경우에는 과세요건사실 완성 당시에 시행되던 이 민원 부칙규정에 따라 법인세를 추가로 신고·납부하여야 하는 반면, 아직 위 상장기한이 경과하지 아니한 법인의 경우에는 이 민원 부칙규정이 실효됨에 따라 계속 주식을 상장하지 않더라도 법인세 등을 추가로 신고·납부하지 않아도 되는데, 입법자가 이러한 과세상의 차별이나 입법의 공백을 의도하였다고는 볼 수 없다. (중략) 이 민원 부칙규정은 위에서 본 바와 같이 이미 재평가를 한 법인에 대한 사후관리를 위한 목적에서 규정되었을 뿐이므로, 이 민원 부칙규정을 계속 적용하는 것이 납세자에게 예측하지 못한 부담을 지우는 것이라고도 할 수 없다. (중략) 따라서 이 민원 부칙규정은 이 민원 조감법의 시행 이후에도 실효되지 않고 계속 적용된다고 해석하는 것이 타당하다. 그리고 이러한 해석이 헌법에 위배된다고 볼 이유도 없다.

더. 신청인은 2013. 4. 16. 헌법재판소에 대법원의 이 민원 재심기각판결과 피신청인이 신청인에게 한 이 민원 부과처분의 각 취소를 구하는 헌법소원심판을 청구하였다.

러. 헌법재판소는 2022. 7. 21. 대법원의 이 민원 재심기각판결에 대해 ‘신청인의 재판청구권을 침해한 것으로 이를 취소하고, 이 민원 부과처분 취소에 대해서는 각하한다’라는 이 민원 재심취소결정(헌재 2022. 7. 21. ****헌마***)을 하였는데 그 내용은 아래와 같다.

한정위헌결정도 「헌법재판소법」 제47조 제1항에서 정한 기속력이 인정되는 ‘법률의 위헌결정’에 해당하고 같은 법 제68조 제2항에 따른 헌법소원심판에서 법률의 위헌성이 확인되어 한정위헌결정의 형태로 인용되는 경우 그 결정은 법률에 대한 위헌결정으로 법원을 비롯한 모든 국가기관과 지방자치단체에 대하여 기속력이 인정된다(법 제75조 제6항, 제47조 제1항). (중략) 이 민원 한정위헌결정은 구체적인 사건에서 법률조항에 대한 법원의 특정한 해석·적용의 당부를 심사한 것이 아니라 법률조항의 규범 영역 중 일부가 헌법에 위반되어 무효라는 내용의 일부위헌결정이다. 구체적인 사건에서 법원의 법률의 해석·적용 권한이 사법권의 본질적 내용을 이루는 것은 부정할 수 없다. 그러나 법률조항의 문언 자체에 변화가 없고 헌법재판소가 법률조항의 규범 영역 중 헌법에 위반되어 효력을 상실하는 부분을 ‘해석’이라는 표현을 사용하여 지칭하였다는 이유로 법률에 대한 위헌성 심사의 결과인 한정위헌결정을 규범통제가 아닌 구체적 사건에서의 법원의 법률의 해석·적용 권한에 대한 통제라고 볼 수는 없다. 따라서 이 민원 한정위헌결정은 일부위헌결정으로서 법률에 대한 위헌결정에 해당하고 법 제75조 제6항, 법 제47조 제2항에 따라 이 민원 부칙규정 중 이 민원 조감법의 시행일인 1994. 1. 1. 이후에 적용되는 부분은 그 효력을 상실하였다. 또한 이 민원 한정위헌결정은 법 제74조 제6항, 제47조 제1항에 따라 법원과 그 밖의 국가기관 및 지방자치단체에 대하여 기속력이 있다. (중략) 법 제75조 제7항은 “제68조 제2항에 따른 헌법소원이 인용된 경우에 해당 헌법소원과 관련된 소송사건이 이미 확정된 때에는 당사자는 재심을 청구할 수 있다”라고 규정함으로써 소송당사자가 재심을 청구할 권리를 부여하고 있고, 여기서 ‘헌법소원이 인용된 경우’에는 헌법재판소가 한정위헌결정을 한 경우도 포함된다. 따라서 이 민원 한정위헌결정의 기속력을 부인하여 재심사유로 받아들이지 아니한 이 민원 재심기각판결은 신청인의 재판청구권을 침해하는 것이다. (중략) 따라서 아직 헌법재판소에 의하여 위헌으로 선언된 바가 없는 법률이 적용된 재판을 그 후에 위헌결정이 선고되었다는 이유로 위법한 공권력의 행사라고 하여 헌법소원심판의 대상으로 삼을 수는 없고(헌재 2001. 2. 22. 99헌마461등 참조), 그에 대한 구제 및 기판력의 제거는 재심절차에 의해 가능하도록 제도화되어 있다. 이 민원 판결은 ‘법률에 대한 위헌결정의 기속력에 반하는 재판’에 해당하지 아니하고 헌법재판소가 이 민원 판결을 취소하지 않으면서 이 민원 부과처분을 취소하는 것은 이 민원 판결의 기판력과 충돌하게 되므로 허용되지 아니한다.

재판청구권 침해에 대한 재판취소에 대해서는 헌법재판소 재판관 전원일치이나 이 민원 부과처분 취소에 대해서는 재판관 9인 중 7인은 각하, 2인은 이 민원 부과처분 취소 의견임.

머. 신청인은 2022. 8. 19. 대법원에 이 민원 재심소송을 제기하였고, 2022. 10. 19. 피신청인에게 이 민원 부과처분의 취소를 요청하는 경정청구서를 제출하였다.

신청인은 헌법재판소의 한정위헌결정이 「국세기본법」제45조의2(경정 등의 청구) 제2항 제1호 내지 제5호 및 같은 법 시행령 제25조의2(후발적 사유)에 해당한다는 취지로 경정청구서 제출함.

버. 우리 위원회는 대법원에 이 민원 재심소송이 진행중인 본 고충민원의 해결을 위해 2024. 3. 19. 「국세분야 고충민원 처리를 위한 전문가 토론회」를 개최하여 전문가 의견을 청취하였다.

서. 또한, 신청인은 2024. 4. 4. 추가 의견서 제출을 통해 이 민원 부과처분 취소시 발생하는 환급가산금을 일부 양보할 수 있다는 의사를 제시하였고, 우리 위원회는 피신청인에게 의견조회하였으나, 피신청인은 아래와 같은 사유로 조정제의를 거부하였다.

<피신청인 회신내용>

이 민원 부과처분은 관련 세법에 의해 정당하게 이루어졌고, 대법원의 판결(****두****, 2011. 4.28.)로 인해 피신청인의 과세 정당성이 인정되었으며, 헌법재판소의 한정위헌결정은 법률조항은 그대로 둔채 법률조항의 해석, 적용만을 위헌으로 선언하는 것으로 헌법재판소법 제47조의 위헌결정의 효력도 부여할 수 없으므로 대법원의 판결이 최종적으로 유효하여 신청인의 조정제의를 수용하기 어려움. 참고로 국세행정은 조세법률주의에 따라 세법에 의해 집행되며 행정처분의 적법성 판단은 사법기관 몫으로 국세청은 법원의 판결이나 조정결정 이외에 다른 기관의 조정절차에 따라 부과처분을 취소한 전례가 없음.

어. 한편 「국세기본법」제52조는 후발적 경정청구 및 불복청구, 「감사원법」에 따른 심사청구와 「행정소송법」에 따른 소송에 대한 결정이나 판결 없이 고충민원의 처리에 따라 세무서장이 국세환급금을 지급하는 경우에는 국세환급가산금을 가산하지 아니한다고 규정하고 있다.

4. 판단

가. 관계법령 등

<별지>와 같다.

나. 판단내용

1) 고충민원 처리대상 여부

이 민원과 관련하여 피신청인이 신청인에게 이 민원 부과처분을 한 처분일이 2004. 1. 16.이므로 부과 처분일로부터 만 20년이 경과하였고, 신청인이 헌법재판소로부터 이 민원 한정위헌결정을 받은 날인 2012. 7. 26.로부터도 약 12년이 경과하였다. 그럼에도 이 민원 한정위헌결정 이후 대법원은 2013. 3. 28. 이 민원 재심기각결정을 하였고, 헌법재판소는 2022. 7. 21. 이 민원 재심취소결정을 하였으며 현재 대법원에 이 민원 재심소송이 진행 중이다. 이에 대해‘한정위헌결정에 관하여는 「헌법재판소법」제47조가 규정하는 위헌결정의 효력을 부여할 수 없으며 그 결과 한정위헌결정은 법원을 기속할 수 없고 재심사유가 될 수 없다’는 것이 대법원 판례(대법원 1996. 4. 9. 선고 95누11405 판결, 대법원 2001. 4. 27. 선고 95재14판결 등)의 입장이다. 이에 따라 우리나라의 현행 사법구조상 한정위헌결정의 기속력에 대한 입법적·제도적 해결방안이 마련되기 전까지는 신청인이 대법원과 헌법재판소를 오가며 소송을 반복하더라도 이 민원 부과처분에 대한 적법여부에 대한 최종 판결을 받을 가능성이 희박한 것으로 보인다. 따라서 이러한 제반상황을 고려할 때 신청인이 이 민원 재심소송을 통해 이 민원 부과처분이 취소됨으로써 신청인의 권익이 구제될 가능성이 매우 낮다고 보여지고 향후에도 헌법재판소와 대법원을 오가는 지리한 절차 반복만이 계속될 것으로 예상되는바, 부패방지권익위법 제43조 제1항 제4호는‘행정소송이 진행 중인 사항은 각하할 수 있다’고 규정하고 있으나, 동 조항 규정의 형식 등을 볼 때 기속행위로 보기는 어려우므로 행정소송이 진행 중이라 하더라도 신청인의 경우와 같이 우리 위원회가 고충민원의 처리 대상으로 삼을 특별한 사정이 있다고 인정하는 경우 예외적으로 고충민원으로 처리할 수 있다 할 것이다.

2) 이 민원 부과처분을 취소할 수 있는지 여부

한정위헌결정의 기속력을 둘러싼 헌법재판소와 대법원의 법리 다툼이 30년이 넘도록 계속되고 있는 상황에서 국가기관이 합리적 해결방안을 강구하지 않아 국민들의 혼란이 가중되고 있으므로 이에 대한 해결방안 모색을 위해서는 신속한 권리구제를 위한 적극행정을 구현함으로써 국가행정의 적정성을 확보하고 나아가 국민의 재산권을 보호하는 것이 헌법정신에 부합한다고 판단된다. 따라서 이와 같은 점을 염두해 두고 우리 위원회의 고충민원구제 차원에서 이 민원을 검토해 본다. 우선, 이 민원 부과처분이 위법한지 여부는 앞서 본 바와 같이 대법원의 판결과 헌법재판소의 결정이 달라 우리 위원회가 선뜻 판단하기 어렵다. 하지만 우리 위원회의 고충민원을 통한 권리구제는 이와 같은 사법적 구제와는 구분되는 것으로 ‘행정의 적정성 확보’라는 우리 위원회 본연의 역할에 부합하고 「행정기본법」에 따른 ‘합리적인 행정’구현 목표에 입각하여 이 민원의 구제여부를 판단할 수 있다. 헌법기관인 대법원과 헌법재판소의 의견이 달라 행정의 적법성을 판단하기 어려운 경우에는 행정의 합목적성 차원에서 어떻게 하는 것이 합리적인 행정을 구현하는지를 기준으로 고충민원을 통한 권익구제 여부를 판단하는 것이 바람직하다 할 것이다.

이러한 관점에서 이 민원의 구제여부는 ① 이 민원 발생의 실질적 원인이 누구에게 있는지, ② 이 민원 부과처분의 적법성의 여부, ③ 향후 이 민원의 추가 발생 가능성, ④ 이 민원을 구제하였을 때 훼손되는 공익과 이 민원을 기각하였을 때 잃게 되는 공익의 비교 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것이다.

① 이 민원이 실질적으로 누구에 의해 발생한 것인지 여부

「헌법」 제38조에서는 ‘모든 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의무를 진다’라고 규정하면서 제50조에서 ‘조세의 종목과 세율은 법률로 정한다’라고 조세법률관계의 가장 근본이념인 조세법률주의를 규정하고 있다. 여기서 조세의 종목과 세율은 결국 과세요건의 핵심으로 과세요건을 법률로 정하여야 한다는 ‘과세요건법정주의’와 그 과세요건은 명확해야 하며 불확정개념이나 개괄조항을 사용하여서는 아니된다는 ‘과세요건명확주의’가 전제된다. 그리고 과세요건명확주의는 과세요건이나 비과세요건을 막론하고 조세법률은 엄격하게 해석하여야 하고 확장 및 유추해석을 하여서는 안된다는 점을 고려할 때 과세요건이나 비과세요건을 법률이 아닌 시행령이나 시행규칙 등에서 규정할 수 있도록 하거나 경과규정이 미비한 사항에 대해 자의적으로 해석이 가능하도록 한다면 과세관청의 자의적인 과세처분을 배제할 수 없어 국민의 재산권이 부당하게 침해될 수 있다. 이 민원은 이 민원 조감법을 시행하면서 경과규정을 명확히 두었더라면 발생하지 않았을 것이다. 이런 점에 비추어 보면 이 민원 발생의 실질적 원인은 국가에 있다고 보는 것이 타당할 것이다.

② 이 민원 부과처분의 적법성의 여부

비록 신청인이 자산재평가에 따른 법인세 감면혜택을 받고도 상장의무 기한 내에 상장을 이행하지 않았으므로 이 민원 부과처분의 과세요건 성립에 대한 구체적인 타당성은 인정된다 하더라도 헌법재판소로부터 이 민원 부과처분의 과세근거가 되는 법률의 위헌성이 확인되어 한정위헌결정의 형태로 인용되었으므로 헌법상 규정된 조세법률주의 원칙에 비추어 볼 때 이 민원 부과처분이 온전히 적법한 처분이라고 보기는 어렵다. 이처럼 이 민원은 대법원과 헌법재판소의 엇갈린 판단에서 비롯된 것으로 이 민원 부과처분이 적법한지 위법한지 여부가 불분명하다. 그런데 이와 같이 행정처분의 적법성 여부가 불분명한 상태에서는, 형사법에서 적용되는‘의심스러울 때는 피고인의 이익으로’라는 법격언을 차용하여 개별 국민의 권익을 보호하는 쪽으로 합리적인 행정을 펼치는 것이 바람직하다고 판단된다.

③ 향후 이 민원의 추가 발생 가능성

대법원과 헌법재판소간 한정위헌 논쟁은 현행 헌법 하에서 30여년에 걸쳐 3차례 있었다. 특히 이 민원은 앞선 두 차례의 한정위헌 논쟁(존재하는 법률규정 해석에 관한 것임)과는 달리 법률규정의 존부와 관련된 한정위헌 논쟁으로 국가의 입법태도에 따라 충분히 그 논쟁을 방지할 수 있으므로 향후 추가적인 민원발생 가능성이 낮다고 볼 수 있다. 또한 국가기관간 법해석과 관련된 논쟁이기 때문에 이 민원을 구제한다 하더라도 이를 악용할 가능성도 희박해 보인다. 따라서 이 민원은 고충민원을 통한 권리구제를 통해 국민 개인의 권익구제에 주안점을 두는 것이 합리적이다.

④ 이 민원을 구제할 경우 훼손되는 공익과 이 민원을 기각할 경우 잃게 되는 공익의 비교

이 민원을 구제할 경우에는 대법원에서 말하는 바와 같이 조세공평주의라는 공익이 훼손될 수 있다. 하지만 조세공평주의는 법률의 적법한 제·개정과정에서도 발생하는 공익이다. 이에 반해 헌법재판소에 의해 한정위헌결정을 받은 법률을 적용하여 국민의 재산권을 침해하는 경우에는 국가 행정에 대한 국민적 불신을 조성할 수 있고, 이는 국민의 국가에 대한 신뢰를 저하시킬 수 있는 중대한 공익과 관련된다. 결국, 전자보다는 후자의 공익이 보다 근원적이고 사회에 미치는 효과가 더 크다 할 것이므로 조세공평주의를 실현하는 것보다 국가에 대한 국민의 신뢰를 훼손하지 않는 것이 더욱 중요한 행정의 역할이라고 판단된다.

3) 소결

이러한 사정을 종합하여 살피건대, 이 민원 조감법의 개정시행에도 불구하고 이 민원 부칙규정과 관련된 규율을 정하지 않음으로써 생긴 이러한 입법상의 흠결에 대한 책임을 개별 납세자인 신청인에게 전가하는 것은 객관적으로도 타당하지 않을 뿐만 아니라 주관적으로도 지나치게 가혹하다 할 것이므로 비록 이 민원 부과처분이 적법하다는 대법원의 판결이 있고, 이 민원 재심소송이 진행 중에 있다 하더라도 피신청인은 신청인에 대한 이 민원 부과처분을 취소하는 것이 바람직하다. 다만, 앞에서 본 바와 같이 이 민원 부과처분에 대해서는 비록 신청인이 행정소송 등의 불복절차를 거친 사실은 있으나, 이 민원 관련 분쟁이 장기간 지속되어 환급가산금이 과다하게 발생한 사정과 고충민원 해소차원에서 이를 반환하게되는 점 등을 고려하면 피신청인이 이 민원 부과처분 취소시 신청인에게 환급가산금을 지급하지 않는 것을 고려하는 것이 바람직하다고 판단된다.

5. 결론

그러므로 이 민원 부과처분의 취소를 구하는 신청인의 주장은 상당한 이유가 있다고 인정되므로 ｢부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률｣ 제46조 제2항에 따라 피신청인에게 의견을 표명하기로 하여 주문과 같이 의결한다.

<별지> 관계법령 등

1) ｢법인세법｣(1989. 12. 30. 법률 제4165호로 개정된 것)

제9조(각사업연도의 소득) ① 내국법인의 각사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “익금”이라 함은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액을 말한다.

제15조(익금불산입) ① 다음 각 호에 게기하는 익금은 내국법인의 각사업연도의 소득금액계산상 당해 사업연도의 익금에 산입하지 아니한다.

5. 자산재평가법의 규정에 의한 재평가차액

2) ｢법인세법 시행령｣(1989. 12. 30. 대통령령 제12878호로 개정된 것)

제12조(수익과 손비의 정의) ① 법 제9조 제2항에서 “수익”이라 함은 법 및 이 영에 규정하는 것을 제외하고 다음 각호에 게기하는 것으로 한다.

5. 자산의 평가차익

3) ｢조세감면규제법｣(1987. 11. 28. 법률 제3939호로 개정된 것)

제56조의2(기업공개시의 재평가특례) ① 증권거래법 제88조 제1항의 규정에 의하여 한국증권거래소에 처음으로 주식을 상장하고자 하는 법인은 자산재평가법 제4조 및 동법 제38조의 규정에 불구하고 매월 1일을 재평가일로 하여 자산재평가법에 의한 재평가를 할 수 있다. 다만, 재평가를 한 법인이 재평가일로부터 2년 이내에 한국증권거래소에 주식을 상장하지 아니하는 경우에 이미 행한 재평가는 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다.

4) ｢조세감면규제법｣(1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정된 것)

제56조의2 삭제

(부칙)

제23조(기업공개시의 재평가특례에 관한 경과조치 등) ① 이 법 시행 전에 종전의 제56조의2 제1항 본문의 규정에 의하여 재평가를 한 법인에 대하여는 종전의 동조동항 단서의 규정에 불구하고 재평가일부터 대통령령이 정하는 기간이내에 한국증권거래소에 주식을 상장하지 아니하는 경우에 한하여 이미 행한 재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다.

5) ｢조세감면규제법｣(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문개정된 것)

(부칙)

제1조(시행일) 이 법은 1994년 1월 1일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다.

6) ｢조세특례제한법｣(1998. 12. 28. 법률 제5584호로 전문개정된 것)

5년 단위의 한시법으로 운용되어 온 조세감면규제법의 적용시한이 1998년 12월 31일 만료됨에 따라 동법의 내용을 포함하여 모든 조세특별규정을 포괄하는 조세특별제한법으로 전환함과 아울러, 각 특별의 적용시한을 해당 조문에 설정하여 조세감면의 효율성을 고하는 한편, 우리 경제의 현안과제인 기업구조조정을 촉진하고 성장잠재력을 배양하기 위한 지원을 강화하며, 성실한 납세를 유도하기 위한 제도적 장치를 마련하고, 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선·보완하려는 것임.

7) ｢조세감면규제법 시행령｣(1990. 12. 31. 대통령령 제13202호로 개정된 것)

제66조(기업공개시 자산재평가에 관한 특례) 법률 제4285호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제23조 제1항에서 “대통령령이 정하는 기간”이라 함은 5년을 말한다.

8) ｢조세감면규제법 시행령｣(1993. 12. 31. 대통령령 제14084호로 개정된 것)

제109조(기업공개시 자산재평가에 관한 특례) 대통령령 제4285호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제23조 제1항에서 “대통령령이 정하는 기간”이라 함은 8년을 말한다.

9) ｢조세감면규제법 시행령｣(1996. 12. 31. 대통령령 제15197호로 개정된 것)

제109조(기업공개시 자산재평가에 관한 특례) 법률 제4285호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제23조 제1항에서 “대통령령이 정하는 기간”이라 함은 10년을 말한다.

10) ｢조세특례제한법 시행령｣(1998. 12. 31. 대통령령 제15976호로 개정된 것)

제138조(기업공개시 자산재평가에 관한 특례) 법률 제4285호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제23조 제1항에서 “대통령령이 정하는 기간”이라 함은 11년을 말한다.

11) ｢조세특례제한법 시행령｣(2000. 1. 10. 대통령령 제16693호로 개정된 것)

제138조(기업공개시 자산재평가에 관한 특례) 법률 제4285호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제23조 제1항에서 “대통령령이 정하는 기간”이라 함은 13년을 말한다.

12) ｢조세특례제한법 시행령｣(2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정된 것)

제138조(기업공개시 자산재평가에 관한 특례) 법률 제4285호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제23조 제1항에서 “대통령령이 정하는 기간”이라 함은 2003년 12월 31일까지의 기간을 말한다.

13) ｢헌법재판소법｣

제47조(위헌결정의 효력) ① 법률의 위헌결정은 법원과 그 밖의 국가기관 및 지방자치단체를 기속한다.

② 위헌으로 결정된 법률 또는 법률의 조항은 그 결정이 있는 날부터 효력을 상실한다.

제68조(청구 사유) ② 제41조 제1항에 따른 법률의 위헌 여부 심판의 제청신청이 기각된 때에는 그 신청을 한 당사자는 헌법재판소에 헌법소원심판을 청구할 수 있다. 이 경우 그 당사자는 당해 사건의 소송절차에서 동일한 사유를 이유로 다시 위헌 여부 심판의 제청을 신청할 수 있다.

제75조(인용결정) ⑦ 제68조 제2항에 따른 헌법소원이 인용된 경우에 해당 헌법소원과 관련된 소송사건이 이미 확정된 때에는 당사자는 재심을 청구할 수 있다.

14) ｢행정기본법｣(2023. 6. 28. 법률 제19148호로 개정된 것)

제18조(위법 또는 부당한 처분의 취소) ① 행정청은 위법 또는 부당한 처분의 전부나 일부를 소급하여 취소할 수 있다. 다만, 당사자의 신뢰를 보호할 가치가 있는 등 정당한 사유가 있는 경우에는 장래를 향하여 취소할 수 있다.

15) ｢국세기본법｣(2024. 4. 1. 법률 제19926호로 개정된 것)

제45조의2(경정 등의 청구) ② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수있다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

제52조(국세환급가산금) ① 세무서장은 국세환급금을 제51조에 따라 충당하거나 지급할 때에는 대통령령으로 정하는 국세환급가산금 기산일부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융회사 등의 예금이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율에 따라 계산한 금액(이하 “국세환급가산금”이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다.

② 제51조제8항에 따라 국세에 충당하는 경우 국세환급가산금은 지급결정을 한 날까지 가산한다.

③ 제1항 및 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유 없이 대통령령으로 정하는 고충민원의 처리에 따라 국세환급금을 충당하거나 지급하는 경우에는 국세환급가산금을 가산하지 아니한다.

1. 제45조의2에 따른 경정 등의 청구

2. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구 또는 「행정소송법」에 따른 소송에 대한 결정이나 판결