국 민 권 익 위 원 회

제 2 소 위 원 회

의    결

의안번호  제2024-2소위04-재04호

민원표시  2BA-2310-0408105  법인세 경정

신 청 인  1. A

2. B

3. C

4. D

피신청인  1. E

2. F

3. G

4. H

관계기관  I

의 결 일  2024. 2. 5.

주     문

1. 피신청인들에게, 신청인들에게 부과 또는 신청인들이 수정신고 납부한 <별지 1> 기재 법인세를 경정할 것을 의견표명한다.

2. 관계기관에게, <별지 2> 기재 영농조합법인들에 대해서도 사실관계를 확인한 후 법인세를 경정하도록 조치할 것을 의견표명한다.

이     유

1. 신청원인

신청인들은 영농조합법인인데 2016사업연도 및 2017사업연도 법인세를 신고하면서 식량작물재배업 외의 소득에 대해 법인세 감면신청을 하였다. 그런데 피신청인들은 신청인들이 농어업경영체등록확인서(이하 ‘등록확인서’라 한다)를 제출하지 않아 법인세 감면대상이 아니라고 판단하고 신청인들에게 법인세 수정신고 안내를 하였고 신청인들은 법인세 수정신고를 하고 법인세를 납부하였다. 이후 신청인들과 동일하게 법인세를 부과받은 신청외 ○○영농조합법인(이하 ‘신청외 법인’이라 한다)이 대법원에서 ‘등록확인서 제출은 협력의무에 불과하므로 등록확인서를 제출하지 않았다고 하여 법인세 감면을 거부할 수 없다’는 취지로 승소판결을 받아 법인세를 감면받았으니 신청인들도 이미 납부한 법인세를 환급하여 달라.

2. 피신청인 등의 주장

대법원 판결을 존중하여 2018사업연도 이후 과세분은 직권으로 경정하였으나 2017사업연도 이전분은 부과제척기간이 경과하여 직권으로 경정할 수 없다. 다만, 국민권익위원회의 결정이 있는 경우 심리를 진행할 예정이다.

3. 사실관계

가. 신청인들이 피신청인들에게 법인세 감면신청을 하면서 등록확인서를 제출하지 않아 법인세를 추가 납부(수정신고)하거나 피신청인들로부터 법인세를 부과(경정)받은 내역은 <별지 1>과 같다.

나. 신청인들은 납부한 법인세에 대해 경정청구나 불복청구를 하지 않았으나 동일한 내용으로 법인세를 부과받은 신청외 법인은 행정소송을 제기하여 승소(대법원 2023. 3. 30. 선고 2019두55972 판결)하였는데 판결 내용은 아래 【표 1】과 같다.

【표 1】

가. 앞서 본 관련 규정의 내용, 체계, 취지 및 개정 경과 등을 고려하면, 구 「농어업     경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인의 식량작물재배업소득      등에 대해서는 법인세 면제에 관한 구「조세특례제한법」 제66조 제1항이 적용되     고, 면제 신청 절차에 관한 규정인 구「조세특례제한법」제66조 제8항 및 이 사건     규정은 납세의무자로 하여금 면제 신청에 필요한 서류를 관할 세무서장에게 제출     하도록 협력의무를 부과한 것이므로, 영농조합법인이 법인세 면제 신청을 하면서      이 사건 규정이 정한 농업경영체 등록확인서를 제출하지 않았다고 하여 과세 관청     이 해당 법인세 면제를 거부할 수는 없다.

1) 구「조세특례제한법」제66조 제1항은 법인세 면제 대상을 ‘농어업경영체법에 따른     영농조합법인’으로 규정할 뿐이고, 영농조합법인이 구「농어업경영체 육성 및 지     원에 관한 법률」제4조에 따라 농업경영정보를 등록할 것을 법인세 면제 요건으로     규정하지 않았다.

2) 원고는 농어업경영체법에 따른 영농조합법인으로, 이 사건 규정이 개정되기 전까지     구「조세특례제한법」제66조 제1항에 따라 법인세를 면제받아 왔다.

3) 이 사건 규정이 영농조합법인에게 법인세 면제 신청 시 구「농어업경영체 육성 및     지원에 관한 법률」에 따른 농업경영체 등록확인서를 추가로 제출하도록 정한 취     지는 제출된 농업경영체 등록확인서를 통해 해당 법인이 구「농어업경영체 육성      및 지원에 관한 법률」에서 정한 영농조합법인의 요건을 갖추었는지를 확인하려는     데에 있는 것으로 보인다. 이와 달리 그 취지가 구「조세특례제한법」제66조 제1항     이 정한 법인세 면제 대상을 ‘구「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제4     조에 따라 농업경영정보를 등록한 영농조합법인’으로 제한하려는 데에 있는 것으     로 보이지 않는다.

4) 이 사건 규정이 농업경영체 등록확인서의 제출을 해당 법인세의 면제 요건으로 정     한 것이라고 본다면, 법인세 면제 신청의 절차만을 위임한 모법의 위임범위를 벗어     나게 된다.

나. 그런데도 원심은 구「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합     법인이 식량작물재배업소득 등에 대하여 법인세를 면제받기 위해서는 농업경영체     등록확인서를 반드시 제출하여야 한다는 잘못된 전제에서 이 사건 각 처분이 적법     하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 구「조세특례제한법」제66조 제1항이     정한 법인세 면제 대상 영농조합법인의 범위 등에 관한 법리를 오해하여 판결에      영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.

다. 우리 위원회가 관계기관(법인세과)으로부터 제출받은 신청인들 외에 동일한 내용으로 법인세를 부과받고 불복청구를 하지 않은 납세자 명단은 <별지 2>와 같고 각 지방국세청별 납세자수 및 부과세액 합계는 아래 【표 2】와 같다.

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【표 2】                                                       (단위 : 건, 원)

라. 고충민원을 신청하지 않은 <별지 2> 기재 ○○○건에 대해 관계기관은 신청인들과 사실관계가 동일함은 인정하고 있다. 다만, 부과제척기간이 경과하여 직권경정이 불가하나 우리 위원회의 결정이 있을 경우 심리를 하겠다는 의견을 제시하였다.

4. 판단

가. 관계법령 등

1) 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」

제16조(영농조합법인 및 영어조합법인의 설립신고 등) ① 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하ㆍ유통ㆍ가공ㆍ수출 및 농어촌 관광휴양사업 등을 공동으로 하려는 농업인 또는 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제3조 제4호에 따른 농업 관련 생산자단체(이하 “농업생산자단체”라 한다)는 5인 이상을 조합원으로 하여 영농조합법인(營農組合法人)을 설립할 수 있다.

2) 구「조세특례제한법」(2023. 12. 31. 법률 제19936호로 개정되기 전의 것)

제66조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등) ① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인(이하 "영농조합법인"이라 한다)에 대해서는 2023년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 곡물 및 기타 식량작물재배업에서 발생하는 소득(이하 "식량작물재배업소득"이라 한다) 전액과 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제한다

3) 「조세특례제한법 시행령」

제63조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등) ⑦ 법 제66조 제1항에 따라 법인세를 면제받으려는 영농조합법인은 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액면제신청서 및 면제세액계산서와 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제4조에 따른 농어업경영체 등록(변경등록) 확인서(이하 “농어업경영체 등록확인서”라 한다)를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 납부할 법인세가 없는 경우에는 그러하지 아니하다.

나. 판단내용

1) 법인세를 경정해 달라는 신청에 대해 살펴보면, ① 신청인들은 모두 영농조합법인인 점, ② 구「조세특례제한법」제66조는 법인세 감면 대상을 영농조합법인으로 한정하고 있는 점, ③ 법원도 등록확인서 제출은 협력의무에 불과하고 법인세 감면 요건에 해당하지 않는다고 판시한 점, ④ 신청인들이 환급을 요청하는 2016사업연도 및 2017사업연도 법인세는 부과제척기간이 경과하였으나 「국세기본법」에 부과제척기간을 둔 본래의 취지는 과세처분의 장기간 방치를 방지하여 국민의 권리를 보호하기 위한 것이지, 과세관청의 위법한 처분을 정당화하거나 국민의 권리구제를 회피하기 위한 수단은 아니라 할 것인 점, ⑤「행정기본법」제18조는 위법·부당한 행정행위를 한 행정청이 그 행위에 하자가 있는 경우 스스로 이를 취소할 수 있다고 규정하고 있는 점, ⑥ 국민권익위원회 고충민원제도의 취지는 위법·부당한 처분임에도 불복기간의 경과나 절차상의 문제 등으로 달리 구제수단이 없는 경우 추가적인 권리구제의 기회를 부여하여 국민의 권리 보호를 확대하고자 함에 있고, 법령상 그 구제의 범위를 부과제척기간 내로 한다는 등의 기간적 한계를 따로 규정하고 있지 아니한 점 등을 종합해보면 피신청인들은 법인세를 경정하는 것이 바람직하다고 판단된다.

2) 아울러, 관계기관은 고충민원을 신청하지 않은 <별지 2> 기재 영농조합법인들도 신청인들과 동일한 사실관계로 법인세를 부과받았거나 수정신고 납부한 사실을 인정하고 있으므로 관계기관은 <별지 2> 기재 영농조합법인들에 대해서도 관할 세무서장에게 사실관계를 확인한 후 법인세를 경정하도록 조치하는 것이 바람직하다고 판단된다.

5. 결론

그러므로 법인세를 경정해 달라는 신청인들의 주장은 상당한 이유가 있다고 인정되므로 ｢부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률｣ 제46조 제2항에 따라 피신청인들에게 의견을 표명하기로 하고, 관계기관에게 <별지 2> 기재 영농조합법인들에 대해서도 사실관계 확인 후 법인세를 경정하도록 조치할 것을 의견표명하기로 하여 주문과 같이 의결한다.

<별지 1>

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<별지 2>

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