과 제 명	농어촌주택취득자에 대한 양도소득세과세특례 개선
제 출 자	장00 조사관
의 결 일	2006. 10. 23 .
소관기관	재정경제부장관	분 야	세무
수용여부	미회신	통보유형	제도개선권고
주 문	재정경제부장관은 조세특례제한법 제99조의4제2항을 “제1항의 규정을 적용함에 있어서 농어촌주택취득기간 내에 농어촌주택의 매매계약을 체결(계약금을 지급한 경우에 한한다)하고 2009년 12월 31일까지 잔금을 모두 지급하는 경우에는 농어촌주택취득기간 내에 농어촌주택을 취득한 것으로 본다”로 개정하도록 『국민고충처리위원회의 설치 및 운영에 관한 법률』 제36조에 의거 제도개선 권고한다.

1. 현    황

○ 조세특례제한법 제99조의4제1항에는 ‘거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령이 정하는 1세대(이하 이 조에서 "1세대"라 한다)가 2003년 8월 1일부터 2008년 12월 31일까지의 기간(이하 이조에서 "농어촌주택취득기간"이라 한다) 중에 다음 각호의 요건을 갖춘 1개의 주택(이하 이 조에서 "농어촌주택"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 당해 농어촌주택 취득전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 당해 농어촌 주택을 당해 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 규정을 적용한다’라고 규정되어 있으며, 같은 조 제2항에는 ‘제1항의 규정을 적용함에 있어서 농어촌주택취득기간 내에 농어촌주택의 매매계약을 체결(계약금을 지급한 경우에 한한다)하고 2006년 12월 31일까지 잔금을 모두 지급하는 경우에는 농어촌주택취득기간 내에 농어촌주택을 취득한 것으로 본다’고 규정되어 있다.

2. 문제점

○ 농어촌지역의 경제를 활성화하고 도시민들의 농어촌에 대한 투자유도 및 국토의 균형발전을 위한 조세정책적 목적으로 조세특례제한법 제99조의4를 2003. 12. 30. 신설하면서 농어촌주택취득기간이 2003. 8. 1.부터 2005. 12. 31.까지였고, 2005. 12. 31. 개정하면서 2003. 8. 1.부터 2008. 12. 31.까지로 연장되었으나, 같은 법 제2항은 개정되지 않아 같은 법의 제1항과 제2항이 상이하여 혼란을 일으키고 있으며, 이와 관련된 일부 상담전화를 접수한 바 있다.

○ 따라서, 같은 법 제2항의 규정은 농어촌주택취득기간 내에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우에 한하여 2009. 12. 31.까지 잔금을 모두 지급하는 경우에는 농어촌주택취득기간 내에 농어촌주택을 취득한 것으로 보도록 관련 규정을 개정해야 할 것이다.

3. 개선방안

○ 조세특례제한법 제99조의4제2항에 ‘제1항의 규정을 적용함에 있어서 농어촌주택취득기간 내에 농어촌주택의 매매계약을 체결(계약금을 지급한 경우에 한한다)하고 2006년 12월 31일까지 잔금을 모두 지급하는 경우에는 농어촌주택취득기간 내에 농어촌주택을 취득한 것으로 본다’를 ‘…2009년 12월 31일까지…’로 개정하여 혼란이 없도록 개정한다.

※ 신․구조문 대비표

구분	현행 법령	개선방안
조세특례제한법	제99조의4[농어촌주택취득자에 대한 양도소득세 과세특례] ②제1항의 규정을 적용함에 있어서 농어촌주택취득기간 내에 농어촌주택의 매매계약을 체결(계약금을 지급한 경우에 한한다)하고 2006년 12월 31일까지 잔금을 모두 지급하는 경우에는 농어촌주택취득기간 내에 농어촌주택을 취득한 것으로 본다.	제99조의4[농어촌주택취득자에 대한 양도소득세 과세특례] ②제1항의 규정을 적용함에 있어서 농어촌주택취득기간 내에 농어촌주택의 매매계약을 체결(계약금을 지급한 경우에 한한다)하고 2009년 12월 31일까지 잔금을 모두 지급하는 경우에는 농어촌주택취득기간 내에 농어촌주택을 취득한 것으로 본다.