과 제 명	부가가치세 매입세액 공제방법 개선
제 출 자	조성수 전문위원
의 결 일	07. 12. 24.
소관기관	재정경제부장관	분 야	세무
수용여부	미회신	통보유형	제도개선권고
주 문	재정경제부장관은 부가가치세 납부세액을 규정한 「부가가치세법」 제17조 제2항 제5호, 「같은 법 시행령」 제60조 제9항을 별지 개선방안과 같이 개정할 것을 「국민고충처리위원회의 설치 및 운영에 관한 법률」제36조의 규정에 의하여 제도개선 권고한다.

1. 현  황

○ 「부가가치세법」제17조 제2항 5호에 의하면, 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다.

○ 「부가가치세법」제60조 제9항에 의하면, 법 제17조 제2항 제5호 단서에서 “대통령령이 정하는 것”은 제외한다.

2. 문제점

○ 현행 법령은 사업자등록 혹은 사업자등록 신청일로부터 역산하여 20일 이내의 세금계산서 수취분만 매입세액공제를 해 주고 있으며, 실무적으로 대부분이 신규업자는 매입계산서수취 후 즉시 사업자등록 신청을 하는 편임

○ 그러나 법령에 대한 무지나 단순한 부주의로 인해 세금계산서 수취 후 20일이 경과한 이후 사업자등록을 신청하는 경우가 있으며, 이 경우 사업자등록신청을 한 자에 대해서는 매입세액을 불공제하고 있음

○ 등록전 매입세액 불공제는 법령에 대한 무지나 주의의무위반에 대한 사실상의 불이익으로 기능하고 있으며, 사업자에 따라 매입세액금액이나 의무위반의 정도가 다양함에도 불구하고 일률적으로 매입세액 불공제함으로서, 달성하고자 하는 공익에 비해 의무위반에 대한 그 불이익이 심히 큰 경우가 발생되어 비례의 원칙에 위배되는 면이 있음

3. 개선방안

○ 세금계산서 수취 후 20일이 경과한 후에 사업자등록신청을 할 경우에도 매입세액을 공제해 주되, 경과 기일에 따라 매입세액에 세율을 곱한 가산세를 부과하는 방식으로 개정

[신․구조문 대비표]

구 분	현행 법령	개선방안
부가가치세법	제17조(납부세액)② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것은 제외한다.
부가가치세법 시행령	제60조 ⑨ 법 제17조 제2항 제5호 단서에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 등록신청일로부터 역산하여 20일 이내의 것을 말한다.	⑨ 법 제17조 제2항 제5호 단서에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 등록신청일로부터 역산하여 20일 이내의 것을 말한다. 다만, 20일이 경과한 경우는 다음 각 호의 범위내의 것을 말한다. 예시: 20일이상 3개월 범위내 경과기일별 구분에 따른 가산 세율 적용

4. 기대효과

○ 법에 대한 무지나 단순한 실수에 의한 세부담을 경감하는 것이 타당