국민권익위원회 Anti-Corruption & Civil Rights Commission

민원표시 2BA-1509-076921, 부가가치세 경정

신 청 인 OO군수

피신청인 OO세무서장

주 문 피신청인에게 신청인의 2010년 2기 ~ 2011년 2기 과세기간에 대한 공제신청 부가가치세 매입세액(159,231,993원)의 공제대상 적정여부를 조사하고 그 결과에 따라 부가가치세를 경정할 것을 시정권고한다.

신청취지 주문과 같다.

이 유 별지와 같다.

의 결 일 2015. 9. .

1. 신청 원인

「부가가치세법」개정으로 2007. 1. 1.부터 수익사업으로 운영하는 부동산임대업 및 기타 시설 운영업 등이 부가가치세 면세에서 과세대상으로 전환됨에 따라 신청인이 운영하는 국악체험촌, 레인보우연수원, 송호관광지 등 시설 운영 사업(이하 ‘쟁점 사업’이라 한다)에 대한 부가가치세를 신고․납부하였으며, 쟁점 사업과 관련한 건물 신축 및 고정자산 취득을 위하여 2010년 2기 ~ 2011년 2기 과세기간(2011년 2기 확정신고분은 제외하며 이하 ‘쟁점 과세기간’이라 한다) 중 총 1,858,531,042원(공급대가)을 지출하고 세금계산서를 수취하였음에도 부가가치세 매입세액을 공제받지 못하였는데 2015. 6. 25. 쟁점 과세기간의 부가가치세 매입세액(169,048,266원) 중 부가가치세 과세사업분 매입세액 159,231,993원(이하 ‘쟁점 매입세액’이라 한다)에 대하여 환급을 구하는 고충을 피신청인에게 신청하였으나 경정청구기간 경과를 이유로 거부당하였다. 그러나 세법이 국세환급금에 대한 권리의 소멸시효를 5년으로 규정하고 있어 피신청인도 과오납 세금을 직권으로 경정하여 환급하여야 할 의무가 있으며 동일한 사안에 대하여 다른 지방자치단체에게 과세관청이 직권으로 환급해 주거나 국민권익위원회의 시정권고에 따라 환급해 주고 있으므로 경정청구기간 경과를 이유로 피신청인이 부가가치세를 환급하지 아니함은 부당하니 쟁점 매입세액을 환급하여 달라.

2. 피신청인의 주장

「국세기본법」제45조의2에서 규정한 경정청구기간이 경과하였기에 신청인의 고충을 받아들일 수 없다.

3. 사실 관계

가. 신청인은「부가가치세법」(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정된 것) 제12조 제1항 제17호 및 같은 법 시행령 제38조 제3호에 따라 쟁점 사업이 부가가치세 과세사업에 해당됨에 따라 2007. 1. 1.부터 쟁점 사업에서 발생하는 매출액의 10%에 해당하는 부가가치세를 피신청인에게 신고・납부하여 왔다.

나. 그러나 신청인은「부가가치세법」에 대한 이해부족 및 업무미숙에 따른 실수로 고정자산 취득 등 쟁점 사업 관련 부가가치세 매입세액에 대하여 그간 부가가치세 신고 시 공제신청을 하지 못하였다고 주장한다.

다. 최근 동일한 사정에 있던 지방자치단체들이 관할세무서 및 국민권익위원회의 고충처리절차를 이용하여 공제받지 못한 부가가치세 매입세액을 환급받은 사실을 뒤늦게 확인하고 2015. 6. 25. 피신청인에게 2010년 1기？2014년 2기 과세기간 동안 공제받지 못한 부가가치세 매입세액(2,542,353,543원)에 대하여 세금공제를 적용, 부가가치세를 경정해 달라는 민원을 제기하였다.

라. 이에 피신청인은 2012년 2기 확정신고분부터 2014년 2기까지의 부가가치세 매입세액(2,264,207,971원)에 대하여는 사실조사를 거쳐 쟁점 사업과 관련된 매입세액에 해당하는 1,415,905,014원을 신청인에게 환급하였으나, 2010년 1기 및 쟁점 과세기간의 부가가치세 매입세액에 대하여는「국세기본법」제45조의2 제1항의 규정에 의한 경정청구기간이 경과하였다는 이유로 경정을 거부하였다.

마. 2015. 9. 4. 신청인은 쟁점 과세기간에 거래징수당한 부가가치세 매입세액(169,048,266원) 중 159,231,993원은 쟁점 사업과 관련된 것이니 환급하여 달라는 고충민원을 우리 위원회에 다시 신청하였는바, 쟁점 과세기간의 부가가치세 매입세액의 내역은 다음과 같다.

바. 신청인은 당초 신고 시 매입세액을 누락한 사유와 경정청구기간 내에 경정청구를 하지 못한 사유에 대하여, 지방자치단체의 경우 2007. 1. 1.「부가가치세법」개정 전에는 전체 사업이 면세사업으로서 매입세액 공제제도가 없었으므로 매입세액공제를 하지 않았는데, 국세에 대한 전문지식 부족 및 업무 미숙으로 법령개정 후에도 부가가치세 매입세액 공제를 받을 수 없는 것으로 잘못 알았다고 진술하고 있다.

사. 한편, 신청인의 고충과 동일한 사유로 다른 지방자치단체들이 제기한 민원에 대하여,우리 위원회는 시정권고 의결을 한 바 있고 해당 세무서장들이 수용하여 부가가치세를 환급한 사례가 다수 존재하며, 세무서장들이 우리 위원회의 시정권고 없이 지방자치단체들의 고충을 수용하여 직권경정한 사례도 다수 있다.

4. 판단

가. 관계 법령

「부가가치세법」(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정된 것) 제12조 제1항은 “다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. (중략) 17. 국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것”이라고, 「부가가치세법 시행령」(2006. 2. 9. 대통령령 제19330호로 개정된 것) 제38조는 “법 제12조제1항제17호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호의 용역을 제외한 것을 말한다. 3. 부동산 임대업, 도·소매업, 음식·숙박업, 골프장·스키장운영업, 기타 운동시설 운영업. (단서 생략)”이라고, 같은 시행령 부칙 제1조는 “이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제26조제1항제5호 및 제5호의2의 개정규정은 2006년 7월 1일부터 시행하고, 제38조제3호 및 제64조제3항제1호의3의 개정규정은 2007. 1. 1.부터 시행한다.”라고 규정하고 있고,「국세기본법」제45조의2 제1항은 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. (단서 생략)”라고 규정하고 있는 한편, 「부가가치세법」제21조 제1항은 “사업장 관할세무서장은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우에만 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다. (중략) 2. 확정신고한 내용에 오류 또는 탈루가 있는 경우”라고 규정하고 있다.

나. 판단 내용

쟁점 과세기간의 부가가치세 매입세액을 환급하여 달라는 신청에 대해 살펴보면, ① 피신청인은 신청인의 고충민원에 대하여「국세기본법」제45조의2에서 규정하는 경정청구기간을 경과하였다는 이유로 부가가치세 경정을 거부하고 있으나, 같은 법 제54조 제1항에서 국세환급금과 환급가산금에 대한 권리의 소멸시효를 5년으로 규정하고 있고 과오납한 세금에 대한 환급의무가 피신청인에게 있는 점, ② 같은 법 제26조의2 제1항 제3호에서 국세를 부과할 수 있는 기간(일반적인 경우의 국세부과제척기간)을 5년으로 정하고 있는 점, ③「납세자보호사무처리규정」제25조 제2항에서 세법에 명백히 위배된 처분이나 훈령․예규 등에 위배된 처분에 대하여는 세무서장 또는 지방국세청장이 직권으로 시정하도록 하고 있으며, 국세청이 “경정청구기간이 경과된 경우에도 과세표준과 세액의 신고내용에 명백한 오류로 과다 신고납부한 사실이 확인되면 관할세무서장은 국세부과제척기간 내에 경정할 수 있다”는 예규(국세청 2009. 9. 29. 징세과-110, 국세청 1999. 3. 31. 법인46012-1195, 재무부 1993. 4. 23. 세조46068-45 외 다수)를 실무상 적용해오고 있는 점, ④ 고충처리제도의 취지는 불복 또는 경정청구 등의 기간 경과나 다른 절차상의 하자에도 불구하고 그 내용에 흠결이 있는 행정처분에 대하여 추가적인 구제절차를 보장하여 국민의 권익을 적극적으로 보호하려는데 있는 점, ⑤ 비록 신청인이 경정청구기간 내에 경정청구를 하지 못한 잘못이 있더라도「부가가치세법」개정으로 지방자치단체가 공급하는 일부 재화 또는 용역이 면세에서 과세로 전환됨에 따라 2007. 1. 1.부터 부가가치세 신고를 시작하게 되었고 부가가치세 업무에 미숙하여 실수가 있었다는 주장이 수긍되는 점, ⑥ 신청인의 경우 거래징수한 매출 부가가치세를 이미 신고·납부한 상태로서 매입 부가가치세를 공제받지 않게 되면 결과적으로 매입 부가가치세 상당액을 이중으로 부담하게 되는 결과를 초래하는 점, ⑦ 신청인에게 환급되는 부가가치세는 재정자립도가 취약한 지방자치단체의 재정으로 편입되어 공공재원으로 사용되므로 당초의 조세관계를 변경하더라도 공익의 침해정도가 미미한 점, ⑧ 신청인과 동일한 사안에 대하여 그간 과세관청이 우리 위원회의 시정권고를 수용하거나 자체 고충처리를 통하여 부가가치세 경정을 한 사실이 있는 점 등을 종합적으로 고려할 때, 세법에 따라 명백히 매입세액공제되어야 할 세액을 착오로 납부하였다면 경정청구기간이 지났다는 사유만으로 피신청인이 이를 경정하지 아니함은 부당하다 할 것이다. 다만, 쟁점 과세기간의 부가가치세 매입세액이 쟁점 사업과 관련 있는지의 여부에 대한 사실 조사 등을 거칠 필요가 있으므로 피신청인은 신청인이 제출한 세금계산서 내용을 조사하여 그 결과에 따라 부가가치세를 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

5. 결론

그러므로 부가가치세 경정을 구하는 신청인의 주장은 상당한 이유가 있으므로 「부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률」제46조 제1항에 따라 피신청인에게 시정을 권고하기로 하여 주문과 같이 의결한다.