국민권익위원회 Anti-Corruption & Civil Rights Commission

민원표시 2CA-OOO-OOO 양도소득세 이의

신 청 인 김OO

피신청인 OO세무서장

주 문 피신청인에게 신청인에 대하여 2013. 5. 6. 행한 양도소득세 14,334,680원의 부과처분을 취소할 것을 시정권고한다.

신청취지 주문과 같다.

이 유 별지와 같다.

의 결 일 2015. 11. 2.

이 유

1. 신청 원인

신청인은 1999. 8. 24. 신청 외 신OO으로부터 서울 OO아파트 2동 209호(이하 ‘구주택’이라 한다)를 취득한 후 주택재개발사업을 통해 서울 74 소재 OO아파트 101동 302호(이하 ‘쟁점아파트’라 한다)를 분양받아 2008. 2. 22. 신청 외 현OO외 1인에게 쟁점아파트를 양도하고 신축주택 취득자 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세를 신고하였는데, 피신청인은 신청인이 구주택 취득일로부터 쟁점아파트 취득일(사용승인일, 2003. 12. 4.)까지의 양도소득금액을 안분계산하지 않았다는 이유로 감면 신청한 것을 일부 부인하고 2013. 5. 6. 양도소득세 14,334,680원을 경정․고지(이하 ‘이 처분’이라 한다)하였다. 그러나 이 처분은 구「조세특례제한법」(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제99조의3 제1항(이하 ‘쟁점조항’이라 한다)과 관련한 국세청의 질의회신 예규(재산세과-227, 2009. 1. 20., 이하 ‘쟁점예규’라 한다) 생성 이후 과세관청 스스로도 쟁점조항 적용에 있어 과세와 비과세에 혼란을 겪던 중 국세부과제척기간이 임박한 시점에 국세청의 기획점검지침(이하 ‘기획점검지침’이라 한다)에 따라 행한 것이고, 신청인뿐 만 아니라 동일한 상황에 있는 많은 납세자들에게도 같은 처분(이하 ‘이 민원관련 처분’이라 한다)을 하여 일부 납세자들이 이에 대해 행정소송을 제기하였고, 2014. 12. 11. 대법원에서 이 민원관련 처분이 법령상 아무런 근거 없이 구주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득은 감면대상에서 제외하면서 과세관청이 임의로 선택한 방법에 따라 양도소득금액을 산정한 것으로 보아 취소 판결(대법원 2014. 12. 11. 선고 2013두2273 판결, 이하 ‘쟁점판결1’이라 한다)하였는데, 부과제척기간이 경과하였다는 이유만으로 직권시정을 거부하는 것이 부당하니 이 처분도 취소해 달라.

2. 피신청인의 주장

이 처분은 2008년 귀속 양도소득세로 부과제척기간이 2014. 5. 31.로 만료되었고, 신청인은 이 민원관련 처분을 취소하라는 대법원 판례를 근거로 이 처분의 취소를 주장하나 신청인은 당해 소송의 당사자가 아니므로 신청인의 주장을 받아들일 수 없다.

3. 사실 관계

가. 피신청인이 제출한 자료에 따르면, 신청인은 1999. 8. 24. 신OO으로부터 구주택을 취득하고 이를 재건축한 쟁점아파트를 분양받아 2004. 2. 17. 소유권보존등기를 하였으며 2008. 2. 22. 쟁점아파트를 양도한 후 쟁점조항을 적용하여 양도소득세 감면신청을 하였는데, 피신청인은 기획점검지침에 따라 2013. 5. 6. 감면신청 내용을 부인하고 양도소득세 14,334,680원을 경정․고지하였다. 그런데 피신청인의 이 처분은 구 조특법 제99조의3 제4항 및 같은 법 시행령 제99조의3 제2항에 따라 같은 법 시행령 제40조 제1항을 준용하여 계산하였는데, 그 계산식은 ‘{양도소득 금액 × [취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가] ÷ [양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가]}’이다.

나. 쟁점예규는 “구주택을 보유하다 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우 종전 구주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 구 조특법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니함.”이라고 규정하고 있다.

다. 한편, 서울고등법원은 이 민원관련 처분에 대한 2012. 12. 21.자 판결(2011누45193, 이하 ‘쟁점판결2’라 한다)에서 “… 신축주택 취득일로부터 5년이 경과한 후 양도한 경우에도 5년 이내에 양도한 경우와 마찬가지로 종전주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전날까지 발생한 양도소득을 감면하여야 한다는 취지의 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.”고 판시하였다.

라. 국세청은 쟁점판결2 이후인 2013. 2. 27. 신청인과 같이 재개발․재건축 등으로 과세특례대상 신축주택을 취득한 납세자들에 대한 감면을 일부 부인하라는 기획점검지침을 시행하였는데 계획서상 그 추진일정은【표 1】과 같지만 실제는 최소 2013. 9. 30.까지 일선관서에서 기획점검지침에 따른 이 민원관련 처분이 있었던 것으로 확인되고, 그 내용은【표 2】와 같다.

【표 2】

마. 한편, 서울고등법원은 또 다른 이 민원관련 처분에 대한 경정청구거부처분취소소송판결(2013. 5. 31. 선고 2012누8931 판결. 이하 ‘쟁점판결3’이라 한다)에서 “따라서 주택재건축조합의 조합원인 원고가 당해 조합에 이 사건 구주택을 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 이 사건 신축주택을 5년 이내에 양도하여 법 제99조의3 제1항 전문이 적용되는 이 사건에서 면제되는 양도소득세액을 계산함에 있어 법적 근거 없이 시행령 제40조 제1항의 계산식을 준용하여 감면되는 양도소득금액을 계산한 이 사건 처분은 위법하다.”라고 판시하여, 이 민원 사안과 같이 ‘신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도하는 경우에 감면되는 세액을 계산함에 있어서 구 조특법 시행령 제40조 제1항의 계산식을 준용한 것은 법령상 근거가 없는 것으로 위법하다’고 하였고 ‘계산식을 적용함에 있어서도 분모의 취득당시 기준시가를 구주택의 기준시가를 대입할 경우 신청인이 쟁점아파트를 취득하기 위하여 납부한 조합원 분담금 등을 분모에서 공제하지 않게 되어 분모 금액이 과다 산정됨으로써 감면되는 양도소득금액이 과소 산정되어 부당하다’고 하였다.

바. 한편, 쟁점판결3의 선고일은 2013. 5. 31.인데, 신청인의 양도소득세에 대한 부과제척기간은 1년 후인 2014. 5. 31.로 만료되었다.

사. 한편 2014. 12. 11. 쟁점판결2에 대한 상고심 판결(2013두2273, 쟁점판결1)에서 대법원은 양도소득세 부과처분에 관한 부분을 파기 환송하였는데, 주요한 내용은【표 3】과 같다.

【표 3】

아. 쟁점판결1 이후 국세청이 2015. 2. 4. 일선 세무서에 하달한 지침에 따르면, 이 민원관련 처분을 받은 납세자들에 대하여【표 4】와 같이 처리하도록 지시하고 있다.

【표 4】

자. 우리 위원회는 쟁점조항과 관련 쟁점예규 생성 이후 과세된 통계에 대하여 국세청에 자료 요청하였으나 통계자료의 불확실성을 이유로 회신을 하지 않았다. 그러나 이 민원관련 처분을 다룬 국세신문 2015. 5. 13.자 기사에 따르면, “쟁점판결1에 따른 국세청의 직권시정 대상 중 환급대상에서 제외된 납세자가 1,000여명에 환급액 규모는 약 1,000억 원으로 추산된다.”고 보도하고 있다.

차. 신청인은 최후 진술에서 “2015. 5. 29. KBS 9시뉴스에 이 민원관련 처분을 받은 납세자들 중 부과제척기간 경과를 이유로 쟁점판결1에 따른 직권시정 처리대상에서 제외된 납세자의 사연이 보도된 것처럼, 처리대상에서 제외된 납세자들 중 일부 경제적 여력이 있는 경우는 부당이득금 반환소송을 진행 중에 있으며 나머지 대다수 납세자들은 소송비용 부담 등으로 소송을 포기하였으니 국민권익위원회에서 그 억울함을 풀어 달라.”라고 하였다.

4. 판단

가. 관계 법령 등

구 조특법 제99조의3 제1항은 “거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.”라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제99조의3 제2항은 “법 제99조의3제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.”라고, 제40조 제1항은 “법 제43조제1항에서 ‘당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액’이라 함은 「소득세법」 제95조제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」 제99조제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 ‘양도소득금액’이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양 도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}”라고 규정하고 있다.

나. 판단 내용

이 처분을 취소해 달라는 신청에 대해 살펴보면, 국세청이 쟁점예규 생성 이후에도 쟁점조항 상 구주택 보유기간 양도차익 과세여부에 관한 해석‧적용에 혼선이 있다가 2013. 2. 27. 쟁점판결2를 근거로 신축주택 감면 신청자를 대상으로 기획점검지침을 시행하여 부과제척기간(2014. 5. 31.)이 임박한 시점인 2013. 5. 6. 신청인에게 이 처분을 한 점, 쟁점판결1 이전인 2013. 5. 31. 서울고등법원은 쟁점판결3에서 신청인과 같이 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 감면세액계산에 있어 구 조특법 시행령 제40조 제1항을 준용하는 것이 법령상의 근거 없이 계산식을 자의적으로 변경한 것이므로 허용될 수 없다 하여 위법하다고 판시한 점, 또한 이후 쟁점판결1에서 ‘기존주택 취득일부터 신축주택 취득일까지 발생한 양도소득금액의 양도소득세 감면 거부 및 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도하는 경우에 감면되는 세액을 계산함에 있어서 시행령 제40조 제1항의 계산식을 준용하여 감면세액을 계산하는 것’은 위법하다고 판시하자 이제 와서 부과제척기간 도과와 소송당사자가 아니라는 이유로 직권취소를 거부하는 것은 국가의 과세권을 신뢰하고 불복을 하지 않은 신청인 등에게 너무 가혹할 뿐만 아니라 조세행정에 대한 불신으로 과도한 조세불복을 야기할 수 있는 점, 결과적으로 쟁점판결3에서 이 민원관련 처분이 법령상 근거 없이 위법하게 이루어졌음이 확인되었음에도 이전 기획점검지침과 달리 과세관청에서 아무런 조치를 취하지 않은 점, 쟁점판결1 이후 국세청이 일선에 하달한 지침에 따르면 경정청구기간 경과분에 대하여 이례적으로 직권시정을 지시하면서도 국세부과제척기간이 경과한 건에 대하여는 처리 제외로 지시하고 있어 국세청 스스로도 세법에서 정한 기간에 대하여 편의적으로 해석하고 있는 점, 국세청도 질의회신(재조세-277, 2003. 12. 1.)에서 당초 과세처분이 부과제척기간 내에 이루어졌고 납세자가 불복절차를 통해 이를 다투고 있는 중에 과세관청이 불복내용의 전부 또는 일부를 받아들여 당초 과세처분을 감액경정 또는 취소하는 처분은 법원 확정판결 등「국세기본법」에서 정한 부과제척기간 특례 요건 충족 여부와 상관없이 언제든지 가능하다고 하고 있는 점 등을 종합하면 신청인에 대한 이 처분을 취소하는 것이 타당하다고 판단된다.

5. 결론

그러므로 쟁점아파트에 대하여 구주택 보유기간에 대한 양도소득도 신축주택 감면 규정을 적용하여 이 처분을 취소해 달라는 신청인의 주장은 상당한 이유가 있으므로「부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률」제46조 제1항에 따라 피신청인에게 시정을 권고하기로 하여 주문과 같이 의결한다.

관계법령

■ 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것)

제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례  <개정 2001.8.14.>) ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.  

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

■ 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것)

제40조(구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등) ① 법 제43조제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 「소득세법」 제95조제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」 제99조제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양 도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ②법 제99조의3제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.