국민권익위원회 Anti-Corruption & Civil Rights Commission

(별지)

이 유

1. 신청원인

신청인은 부산 ○○구 ○○1동 1730-1 전 556㎡, 같은 동 1731-1 전 1,157㎡, 같은 동 1731-4 전 855㎡(이하 3필지를 합쳐 ‘이 사건 토지’라 한다)를 매입하여 약 40년 이상 보유하는 동안 8년 이상 채소 및 과수 농사를 지었고, 1997년경부터 2013. 4.경까지는 휴경하고 고물상의 고철야적장으로 임대한 후 2013. 5.경 다시 매실묘목을 심어 재배하던 중 같은 해 9. 26. 매수하려는 사람이 있어 이를 매도하였으며, 같은 해 10. 31. 양도소득세 신고를 하면서 산출세액 554,846,030원 중 8년 자경농지 감면액 2억 원을 공제한 나머지 354,846,030원을 신고·납부하였다. 하지만 피신청인은 이 사건 토지를 농지로 사용하지 않고 있다가 양도 직전 과수를 식재한 것은 8년 자경농지 감면을 받기 위하여 농지로 위장한 것이므로 양도 당시 농지로 볼 수 없다는 등의 이유로 8년 자경농지 감면을 배제하고 2014. 9. 11. 신청인에게 217,259,850원의 양도소득세를 추가고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다. 그러나 신청인이 이 사건 토지를 보유하는 동안 일정기간 휴경하고 고철야적장으로 임대한 적이 있으나 8년 이상 농사를 지었고 양도 당시 농지인 상태로 양도하여 8년 자경농지 감면요건을 충족한다. 따라서 이 사건 처분은 위법·부당하므로 취소하여 달라.

2. 피신청인의주장

8년 자경농지 감면을 받기 위해서는 공부상의 지목에 관계없이 양도일 현재 실제로 경작에 사용되는 토지를 말하는 것으로, 신청인이 오랜 기간 고철야적장으로 사용되던 이 사건 토지를 복토하여 매실 묘목을 심은 것은 8년 자경농지 감면을 받기 위하여 농지로 위장한 것으로 판단되므로 8년 자경농지 감면신청을 배제한 이 사건 처분은 정당하다.

3. 사실관계

가. 주민등록표초본에 따르면, 신청인(1931년생, 남)은 1974. 10. 24. 부산 ○○구 ○○동 519에서 부산 ○○구 ○○1동 1663(그 당시에는 ○구 ○○리 532 이었으나 그 후 행정구역 및 지번이 변경됨)으로 전입하여 거주하다가 1990. 8. 8. 같은 동 1705-4로 전입하여 현재까지 거주하고 있다.

나. 등기사항전부증명서에 의하면, 신청인은 이 사건 토지 중 ○○1동 1730-1은 1971. 7. 10. 매입하여 2013. 9. 26. 매도하였고(약 42년 2개월 보유), ○○1동 1731-1 및 1731-4는 1972. 10. 23. 매입하여 2013. 9. 26. 매도하였으며(약 40년 11개월 보유), 위 토지들의 취득 시부터 양도 시까지의 지목은 모두 ‘전’으로 되어 있다.

다. 부산광역시 ○○구 ○○1동장이 2013. 9. 26. 발급한 농지원부에 따르면, 신청인은 농업인으로 기재되어 있고, 2013. 6. 5. 현재 이 사건 토지의 공부지목 및 실제지목 모두 ‘전’으로 기재되어 있으며, 주재배작물은 ‘과수’로, 경작구분은 ‘자경’으로 각 기재되어 있다.

라. 토지이용계획서 등에 따르면, 이 사건 토지는 그동안 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 자연녹지지역 및 개발제한구역(그린벨트)으로 지정되어 있다가 2013. 4. 3. 제1종일반주거지역 및 개발행위허가 제한지역으로 지정되었다.

마. ○○농업협동조합장이 2013. 9. 26. 발급한 조합원증명서에 따르면, 발급일 현재 신청인은 ○○농업협동조합의 조합원으로, 조합원 가입일자는 1975. 4. 10.이다.

바. 신청인이 제출한 영수증에 의하면, 신청인은 2013. 5. 26. 부산 ○○구 ○○1동 721-3 소재 ○○수목원에서 매실묘목 160주를 640,000원(그루당 4,000원)에 매입한 것으로 되어 있다.

사. 신청인이 제출한 재산세(토지)물건별세액계산서에 따르면, 이 사건 토지의 현황지목이 2012년에는 ‘잡종지’로, 2013년에는 ‘전’으로 기재되어 있다.

아. 부산 ○○구 ○○1동 1682에 거주하는 박○○(43년생, 여) 및 같은 동 1702-1에 거주하는 김○○(37년생, 남)이 인감을 날인하여 각 제출한 인우보증서에 의하면, 신청인이 이 사건 토지를 매수할 때부터 1981년 가을경까지 자경한 사실이 틀림없음을 보증한다는 취지로 기재되어 있다.

자. 이 사건 토지의 각 지번별 매매계약서를 보면, 대저1동 1731-1은 김△△이, 1731-4와 1730-1은 김□□이 각 매수하였는데, 모두 매매계약일은 2013. 8. 21.이고 잔금지급약정일은 2013. 9. 26.이며, 매매가액의 총계는 1,825,000,000원이다.

차. 신청인이 제출한 이 사건 토지의 사용내역에 따르면, 1971년 취득 시부터 1997년까지는 대파, 수박, 배추 등 채소농사(약 17년), 배나무 농사(약 2년), 비닐하우스 양계장(약 7년)을 하였고, 1997년부터 2013. 4. 30.까지 약 16년간 고물야적장으로 임대를 주었으며, 2013. 5. 28.부터 매실묘목을 식재하여 과수를 재배하던 중 2013. 8. 16. 매매계약을 체결하고 2013. 9. 26. 소유권이전등기를 하였다고 되어 있다.

카. 신청인은 이 사건 토지를 고철야적장으로 임대한 증빙으로 부동산임대차계약서 2매를 제출하였는데, 1매는 2009. 3. 29. 작성된 것으로 ○○1동 1731-1에 대해 임대료 5백만 원, 남○○가 임차인으로 되어 있고, 다른 1매는 1730-1 외 1건으로 장○○이 임차인이고 임대료와 작성일자는 글씨가 흐려 판독이 곤란하다.

타. 피신청인이 2014. 5. 29. 부산광역시 ○○구청장에게 조회연도를 2000년？2013년으로 하여 재산세 과세구분내용을 요청하자, 부산광역시 ○○구청장은 2014. 5. 30. 피신청인에게, 2000년？2012년까지는 잡종지로 종합합산 되고, 2013년은 2013. 1. 23. 그린벨트해제로 농지종합합산(2013. 5. 28. 농지 원상회복) 되었다고 회신하였다.

파. 피신청인이 2014. 5. 29. 부산광역시장에게 조회대상 연도를 2002년에서 2013년으로 하여 이 사건 토지의 항공사진을 요청하자, 부산광역시장은 2014. 6. 10. 이 사건 토지 일원에 대한 2002년, 2006년, 2010년, 2013년 상반기, 2013년 하반기 항공사진 5매를 제공하였다.

하. 피신청인 소속 조사공무원이 작성한 양도소득세 조사종결 보고서(조사기간 : 2014. 8. 5. ？ 2014. 8. 14.)에 따르면 다음과 같은 내용이 기재되어 있다.

1) 농지요건 검토 : 요건 미충족

위성사진 상 오래전부터 2013. 5. 전까지 지속적으로 고철야적장 및 나대지로 사용(2013. 10. 27. 찍은 위성사진에는 복토된 상태로 변경)되고 조사일 현재 또한 잡풀이 무성한 나대지 상태인 점, 재산세가 지속적으로 종합합산 과세된 점, 매실나무는 통상적으로 11월말？12월초에 이식하고(동해의 피해가 우려되는 곳은 2월말？3월초) 2월？4월에 꽃이 피고, 5월？6월에 수확하는 과정을 거치는데 추후 장마나 풍수해 위험이 예상됨에도 불구하고 통상적인 매실나무의 수확시기인 5월말에 묘목을 심은 점, 양도소득세 감면신고 시에 제출한 2013. 5. 28.자 및 2013. 12. 27.자 사진에는 묘목이 심어져 있으나 양도계약서상 매실묘목에 관한 언급이 없는 점 등을 미루어 볼 때 양도 계약일 전 3개월 시점에 복토를 하고 매실나무 묘목을 심은 것은 양도소득세 면탈을 위해 농지로 위장한 것으로서 양도 당시 농지로 보기 어려움

2) 자경요건 검토 : 요건 미충족

인우보증서상 1971년？1981년까지 자경한 것으로 되어 있으나 사실여부를 현재 확인하기 어렵고, 양도 토지 중 ○○1동 1731-1은 ○○철재 사업장으로 되어 있으며(2007년 개업), 양도 토지 외 양도인이 지속적으로 보유한 유일한 토지인 1730-3 답 3,920㎡ 또한 2003년부터 ○○목재의 사업장으로 사용된 이력이 있으며(2003. 1. 개업), 현재 ○○목재 외 3개 업체의 사업장으로 사용되고 있음

거. 우리 위원회 소속 조사관이 부산 ○○구청에 이 사건 토지 매수인의 취득세 부과내역을 문의한 결과, 모든 지번이 나대지가 아닌 농지(전)로 세율을 적용, 취득세가 부과된 것으로 확인된다(2015. 9. 7. 11:20경 세무과 7급 지상훈 조사관과 통화).

4. 판단

가. 관계법령등

1) 「조세특례제한법」제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) 제1항은 “농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 ‘농업법인’이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (단서 생략)”라고 규정하고 있다.

2) 같은 법 시행령 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) 제1항은 “법 제69조제1항 본문에서 ‘농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자’란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 ‘한국농어촌공사’라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2제1항제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다. 1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제15조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역 2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역 3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역”이라고 규정하고 있다.

3) 같은 법 시행령 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) 제4항은 “법 제69조제1항 본문에서 ‘대통령령으로 정하는 토지’란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. 1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{「지방자치법」 제3조제4항에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍·면 지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제15조제2항에 따라 설치된 행정시의 읍·면 지역은 제외한다}에 있는 농지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.”라고 규정하고 있다.

4) 같은 법 시행령 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) 제5항은 “제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. “라고 규정하고 있다.

5) 같은 법 시행령 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) 제13항은 “법 제69조제1항 본문에서 ‘대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작’이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.”라고 규정하고 있다.

6) 같은 법 시행규칙 제27조(농지의 범위 등) 제1항은 “영 제66조제4항 및 제67조제3항의 규정에 의한 농지는 전·답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소·농도·수로 등을 포함하는 것으로 한다.”라고, 제2항은 “영 제66조제4항 및 제67조제3항에 따른 농지에 해당하는지 여부의 확인은 다음 각 호의 기준에 따른다. 1. 양도자가 8년(「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사, 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하는 경우에는 3년, 영 제67조제3항제1호 및 제2호에 따른 종전의 농지를 양도하는 경우에는 4년) 이상 소유한 사실이 다음 각 목의 어느 하나의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것. 이 경우 법 제70조의2제1항에 따라 양도소득세를 환급받은 농업인이 환매한 농지등을 다시 양도하는 경우로서 영 제66조제4항에 따른 농지에 해당하는지를 확인하는 경우 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」 제24조의3제3항에 따른 임차기간 내에 경작한 기간은 해당 농업인이 해당 농지등을 소유한 것으로 본다. 가. 「전자정부법」 제36조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 등기부 등본 또는 토지대장 등본의 확인. 나. 가목에 따른 방법으로 확인할 수 없는 경우에는 그 밖의 증빙자료의 확인 2. 양도자가 8년 이상(「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사, 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하는 경우에는 3년, 영 제67조제3항제1호 및 제2호에 따른 종전의 농지를 양도하는 경우에는 4년) 농지소재지에 거주하면서 자기가 경작한 사실이 있고 양도일 현재 농지임이 다음 각 목 모두의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것 가. 「전자정부법」 제36조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 주민등록표 등본의 확인. 다만, 신청인이 확인에 동의하지 아니한 경우에는 그 서류를 제출하게 하여야 한다. 나. 시·구·읍·면장이 교부 또는 발급하는 농지원부원본과 자경증명의 확인”으로 각 규정하고 있다.

7) 한편, 「국세기본법」 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) 제1항은 “세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.”라고, 같은 법 제81조의3(납세자의 성실성 추정)은 “세무공무원은 납세자가 제81조의6제3항 각 호 의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 납세자가 성실하며 납세자가 제출한 신고서 등이 진실한 것으로 추정하여야 한다.”라고 각 규정하고 있다.

나. 판단내용

1) 「조세특례제한법」제69조, 같은 법 시행령 제66조 및 같은 법 시행규칙 제27조 등을 종합하면, 농지 소재지에 거주하는 거주자가 8년 이상 소유한 농지(전·답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지)를 8년 이상 직접 경작(경작에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의해 경작)한 사실이 있고 양도일 현재 농지임이 확인되는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

2) 먼저, 이 사건의 주 쟁점이라 할 수 있는, 이 사건 토지가 ‘양도일 현재 농지’에 해당하는지 여부에 대하여 살펴보면, 피신청인은 오랜 기간 고철야적장으로 사용되던 이 사건 토지를 복토하여 매실 묘목을 심은 것은 8년 자경농지 감면을 받기 위하여 농지로 위장한 것이지 농지가 아니라는 취지로 주장하나, 이 사건 토지는 약 16년간 휴경상태에서 고철야적장으로 이용되었으나 언제라도 손쉽게 간단한 작업을 하면 밭으로 경작하는 것이 가능하였다고 판단되고 달리 형질변경을 위한 터파기 작업 등이 있었던 것으로 보이지 않는 점, 이에 신청인은 이 사건 토지에 손쉽게 복토를 하여 묘목을 심었던 점(피신청인은 묘목의 식재시기가 적절하지 않다고 문제삼고 있으나 전문가들이 권장하는 적정 식재시기란 해당 묘목이 생육하기에 가장 적합한 시기라는 것이지 절대적인 시기라고 할 수는 없고, 신청인이 관련 과수재배에 대한 지식이 부족하여 전문가들이 권장하는 최적의 식재시기에 식재하지 못했을 수도 있을 것인바 식재시기가 다소 부적절하였다고 하여 경작을 부인하고 농지로 위장한 것으로 보는 것은 무리다), 자치단체가 이 사건 토지를 농지로 인정하여 농지원부 및 재산세 부과자료 등에 현황지목을 잡종지에서 농지로 변경한 점 등을 종합적으로 고려할 때, 이 사건 토지는 양도일 현재 농지에 해당한다고 봄이 상당하다고 판단된다.

3) 다음으로, 양도소득세 조사종결보고서에 따르면 피신청인 소속 조사공무원은 자경요건 미충족으로 검토하였는바, 이에 대하여 살펴보면, 취득한지 40년 이상이 지나 현실적으로 자경사실을 입증하기 곤란한 경우 직접적인 증거가 없다는 사유만으로 자경사실을 부인해서는 아니 되고 간접적인 자료나 사정들을 종합하여 합리적으로 추론하여 자경여부를 판단함이 타당하다 할 것인데, 신청인의 경우 과거 젊을 때부터 현재까지 이 사건 토지 소재지에 거주하며 농업에 종사한 농민이고 달리 타 업종에 종사한 사실이 확인되지 않는 점, 그러한 신청인이 지목이 ‘전’인 이 사건 토지를 신청인이 진술한 휴경기간(1997년 이후) 이전 최소한 8년 이상 농사를 지었을 것으로 추단되고 달리 이를 합리적으로 의심할 만한 사정이 보이지 않는 점, 마을 주민이 신청인의 8년 이상 자경 사실을 증언하는 인우보증서를 제출한 점 등으로 미루어 볼 때 신청인의 8년 자경을 인정하는 데 무리가 없는 것으로 판단된다. 이에 반해 조사공무원은 자경요건 미충족의 근거로서 이 사건 토지 및 인근 신청인 소유 토지에 철재 및 목재 사업장들이 등록되어 있는 점 등을 들고 있으나 이들의 사업자등록은 신청인이 진술하는 자경기간이 아닌 휴경기간 중에 있던 사안들이므로(더욱이 신청인 소유의 다른 토지의 사업자등록사항은 이 사건 토지의 자경여부와는 무관하다) 신청인의 8년 자경을 부인할 근거가 되지 못한다고 할 것이다.

5. 결론

그러므로 8년 자경농지 감면을 배제하여 행한 이 사건 양도소득세 부과처분의 취소를 구하는 신청인의 주장은 상당한 이유가 있으므로 「부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률」 제46조 제1항에 따라 피신청인에게 시정을 권고하기로 하여 주문과 같이 의결한다.